#NEXUS [!Imported simple-text file "\tree\sa2b.txt" (Thu Oct 01 16:45:02 1998)] Begin data; Dimensions ntax=15 nchar=1044; Format datatype=nucleotide gap=- missing=? matchchar=. interleave; Matrix L1MdA2 GAATTCTCACCCGAGGAATACCGAATGGCAGAGAAGCACTTGAAAAAA-T A2ancestor ...........t...........................c........-. Sk --.........t.........t.................c........-. Sag --.........t..........................ac........-. Sg --.........t...........................c........-. Sac --.........t...........................c........-. Sea ...........t...........................c........-. Sa --.........t...........................c........-. Sab --.........t...........................c........-. Sj --.........ta..........................c........a. Sha ...........t...........................c........-. Sfa ...........t...........................c........-. Saa --.........t...........................c........-. Sad --.........t...........................c........-. Sae --.........t.........t.................c........-. [ ' ' ' ' 6150 ] L1MdA2 GTTCAACATCCTTAATCATCAGGGAAATGCAAATCAAAACAACCCTGAGA A2ancestor .................................................. Sk .................................................. Sag .................................................. Sg .................................................. Sac .................................................. Sea ...........................................t...... Sa .................................................. Sab ..........t....................................... Sj .................................................. Sha ................................................a. Sfa .................................................. Saa ..............................................a... Sad .................................................. Sae ..........................g....................... [ ' ' ' ' 6200 ] L1MdA2 TTCCACCTCACACCAGTCAGAATGGCTAAGATCAAAAATTCAGGTGACAG A2ancestor .................................................. Sk ................................a................. Sag .................................................. Sg .................................................. Sac .................................................. Sea .................................................. Sa .................................................. Sab .................g................................ Sj .................................................. Sha .................................................. Sfa .............................a...........g........ Saa .................................................. Sad .................................................. Sae ...........................................a...... [ ' ' ' ' 6250 ] L1MdA2 CAGATGCTGGCGAGGATGTGGAGAAAGAGGAACACTCCTCCATTGTTGGT A2ancestor .................................................. Sk .................................................. Sag ............t..................................... Sg .....t......t..................................... Sac ............t..................................... Sea ............t..................................... Sa ..t.........t..................................... Sab ............t..................................... Sj ............t..................................... Sha ............t..................................... Sfa ............t...................g................. Saa ............t..................................... Sad ............t..................................... Sae ........a...t..................................... [ ' ' ' ' 6300 ] L1MdA2 GGGAGTGCAGGCTTGTACAACCACTCTGGAAATCAGTCTGGCGGTTCCTC A2ancestor ..a.t............................................. Sk ....t............................................. Sag ....t............................................. Sg ....t....................................a...a.... Sac ....a............................................. Sea ....t.......................a..................... Sa ....t............................................. Sab ....t............................................. Sj ....t............................................. Sha at..t............................................. Sfa ....t............................................. Saa ....t............................................. Sad ....t............................................. Sae ....t.a..........a.......................t........ [ ' ' ' ' 6350 ] L1MdA2 AGAAAACTGGACATAGTACTACCGGAGGATCCAGCAATACCTCTCCTGGG A2ancestor ......t........................................... Sk ......t.........................c...........a..... Sag ......t...............tc....................a..... Sg ......t................a....................a..... Sac ......t.....................................a..... Sea ......t.....................................a..... Sa ......t.....................................a..... Sab ......g...............g.....................a..... Sj ......t.....................................a..... Sha .tt...t.....................................a..... Sfa ......t.............................-------------- Saa ......t.....................................a....a Sad ......t.....................................a..... Sae ......t.................t...................a..... [ ' ' ' ' 6400 ] L1MdA2 CATATATCCAGAAGATGCCCCAACAGGTAAGAAGGACACATGCTCCACTA A2ancestor ........................t......................... Sk ...t....................t........aa............... Sag ...t....................t......................... Sg ...t....................t......................... Sac ...t....................t......................... Sea ...t....................t......................... Sa ...t-..t................t......................... Sab ...t.c..................t.t..................t.... Sj ...t....................t......................... Sha ...t....................t......................... Sfa --.t....................t......................... Saa ...t....................t......................... Sad ...t....................t......................... Sae ...t....................t......................... [ ' ' ' ' 6450 ] L1MdA2 TGTTCATAGCAGCCTTATTTATAATAGCCAGAAGCTGGAAAGAACCTAGA A2ancestor ..............................................c... Sk ..............................................c... Sag .......t......................................c... Sg .................c............................c... Sac .............................ga...............c... Sea ..............................................c... Sa ..............................................c... Sab ..............................................c... Sj ..............................................c... Sha ..............................................c... Sfa ..............................................c... Saa ..............................................c... Sad ..............................................c... Sae ..............................................c... [ ' ' ' ' 6500 ] L1MdA2 TGCCCCTCAACAGAGGAATGGATACAGAAAATGTGGTACATCTACACAAT A2ancestor .................................................. Sk .................................................. Sag .............................................g.... Sg .................................................. Sac ................................a................. Sea .................................................. Sa .................................................. Sab .................................................. Sj ..t............................................... Sha ..t............................................... Sfa .................................................. Saa .................................................. Sad .................................................. Sae .................................................. [ ' ' ' ' 6550 ] L1MdA2 GGAGTACTACTCAGCTATTAAAAAGAATGAATTTATGAAATTCCTAGCCA A2ancestor .................................................. Sk .................................................. Sag .................................................. Sg ....................t............................. Sac t................................................. Sea .................................................. Sa .................................................. Sab .................................................. Sj .................................................. Sha .................................................. Sfa .................................................. Saa .................................................. Sad .............................c.............t...... Sae .................................................. [ ' ' ' ' 6600 ] L1MdA2 AATGGATGGACCTGGAGGGCATCATCCTGAGTGAGGTAACACATTCACAA A2ancestor ...........................................a...... Sk .................a................................ Sag g................a................................ Sg .................a...............g................ Sac .................a................................ Sea .................a................................ Sa ..............a..a................................ Sab .................a................................ Sj .................a................................ Sha .................a................................ Sfa .................a................................ Saa .................a.t.............................. Sad .................a................................ Sae .................a................................ [ ' ' ' ' 6650 ] L1MdA2 AGAAACTCACACAATATGTATTCACTGATAAGTGGATATTAGCCCCAAAC A2ancestor ..g.................c........................a.... Sk ..g.................c............................. Sag ..g.................c.....c....................... Sg ..g.................c............................. Sac ..g.................c.........................t... Sea ..g...............c.c............................. Sa ..g.................c............................. Sab ..g.................c............................. Sj ..g.................c............................. Sha ..g.................c............................. Sfa ..g..............a..c............................. Saa ..g.................c............................. Sad ..g.................c............................. Sae ..g.................c............................. [ ' ' ' ' 6700 ] L1MdA2 CTAGGATACCCAAGATATAAGATATAATTTGCTAAACACATGAAACTCAA A2ancestor ........................c......................... Sk .......t.t..............c......................... Sag .......t.t...........g..c......................... Sg .......t.t...........g..c......................... Sac .......t.t...........g..c......................... Sea .......t.t...........g..c......................... Sa .......tat....t......g..c......................... Sab .......t.t...........g..c......................... Sj .......t.t...........g..c......................... Sha .......t.t...........g..c......................... Sfa .......t.t...........g..c...............c....a.... Saa .......t.t...........g..c......................... Sad .......t.t...........g..c......................... Sae .......t.t...........g..c.......c.g............... [ ' ' ' ' 6750 ] L1MdA2 GGAGAATGAAGACTGAAGTGTGGACACTATGCCCCTCCTTAGATTTGGGA A2ancestor .a.........................................a...... Sk .a............................c............a...... Sag .a............................c............a...... Sg .a.............................t...........ag..... Sac .a............................c............a...... Sea .a............................c............a...... Sa .a............................c............a...... Sab .a...................a........c............a..t... Sj .a............................c............a...... Sha .a............................c............a...... Sfa .a............................c............a...... Saa .a............................c............a...... Sad .a............................c............a...... Sae .a............................c.t..........a...... [ ' ' ' ' 6800 ] L1MdA2 ACAAAACACCCATGGAAGGAGTTACAGAGACGGAGTTTGGAGCTGAGATG A2ancestor ...............................aa................. Sk ...............................aa........c........ Sag ...............................aa................. Sg ...............................aa................. Sac .......................-.......aa................. Sea ...............................aa................. Sa ...............................aa................. Sab ...............................aa................. Sj ...............................aa..c.............. Sha ...............................aa................. Sfa ...............................aa................. Saa ...............................aa................. Sad ...............................aa................. Sae ...............................aa................. [ ' ' ' ' 6850 ] L1MdA2 AAAGGATGGACCATGTAGAGACTGCCATAGCCAGGGATCCACCCCATAAT A2ancestor .............................t.................... Sk .............................t.................... Sag .............................t.................... Sg .............................t.................... Sac ..........................t..t.................... Sea .............................t.................... Sa .............................t.................... Sab .................a......t....t.................... Sj .............................t.................... Sha ..............c..............t.................... Sfa .............................t.................... Saa .......a.....................t.................... Sad .............................t.................... Sae .............................t.................... [ ' ' ' ' 6900 ] L1MdA2 CAGCATCCAAACGCTGACACCATTGCATACACTAGCAAGATTTTATTGAA A2ancestor .................................................. Sk ..............................c....a.............. Sag ...........t..................c....a.............. Sg ............t.................c....a.............. Sac ......................c.......c....a.............. Sea ..............................c....a.............. Sa ..............................c....a.............. Sab ...........t..................c....a.............. Sj ..............................c....a.............. Sha ..............................c....a.............. Sfa ..............................c....a.............. Saa ..............................c....a.............. Sad .................................................. Sae ..............................c....a..t........... [ ' ' ' ' 6950 ] L1MdA2 AGGACGCAGATGTAGCTGTCTCTTGTGAGACTATGCCGGGGCCCAGCAAA A2ancestor .....c.....................................t...... Sk .....c...........a.........................t...... Sag .....c...........a.........................t...... Sg .....c...........a.........................t...... Sac .....c...........a.................g.......t...... Sea .....c...........a.....................t...t...... Sa .....c...........a.........................t...... Sab .....c...........a.........................t...... Sj .....c...........a.........................t...... Sha .....c...........a.........................t...... Sfa .....c...........a.....................a...t...... Saa .....c.t.........a.....................a...t...... Sad .....c...........a.....................a...t...... Sae .....c...........a.....................a...t...... [ ' ' ' ' 7000 ] L1MdA2 CACAGAAGTGGATGCTCACAGTCAGCTAATGGATGGATCATAGGGCTCCC A2ancestor ........................................c......... Sk ........................................c......... Sag ........................................c......... Sg .............t......c...................c......... Sac ........................................cg........ Sea ........................................c......... Sa ........................................ct........ Sab ........................................c......... Sj ........................................c.......t. Sha ........................................c......... Sfa ........................................c......... Saa ........................................c......... Sad ........................................c......... Sae ........................................c...a..... [ ' ' ' ' 7050 ] L1MdA2 AATGGAGGAGCTAGAGAAAGTAGCCAAGGAGCTAAAGGGATCTGCAACCC A2ancestor ......................c........................... Sk ....................a.c........................... Sag ......................c....................t...... Sg ......a.............a.c........................... Sac ......a.............a.c.g.......................t. Sea ......a.............a.c........................... Sa ......a.............a.c........................... Sab ......a.............a.c.............t............. Sj ......a.............a.c........................... Sha ......a.............a.c........................... Sfa ......a.............a.c........................... Saa ......a.............a.c..........................g Sad ......a..........g..a.c........................... Sae ......a.............a.c........................... [ ' ' ' ' 7100 ] L1MdA2 TATAGGTGGAACAACATTATGAGCTAACCAGTACCCCGGAGCTC A2ancestor ......................a..................... Sk ...----------------------------------------- Sag ...----------------------------------------- Sg ...----------------------------------------- Sac ...----------------------------------------- Sea ....a.................a.c............a...... Sa ...----------------------------------------- Sab ...----------------------------------------- Sj ...----------------------------------------- Sha ......................a.c................... Sfa .....t................t.c................... Saa ...----------------------------------------- Sad ...----------------------------------------- Sae ...----------------------------------------- [ ' ' ' ' 7150 ] ; End;