#NEXUS [Upper spretus sequences and context; 1/18/99] [MusL1O1 not complete. Length of SAF, SD corrected.] Begin data; Dimensions ntax=18 nchar=1997; Format datatype=DNA interleave gap=- mactchchar=.; Matrix [ ' 5400 ' ' ' ] L1MdA2 AACGAATTGG AAGGAGCAAT TTGCAAATTT GTCTGGAATA ACAAAAAACC Sd ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- L1md17 .......... .......... .........c .......... .......... Mustc ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Znode ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Musl1O1 ........a. .......... .........c a......... .......... Saf ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- D16 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Tfnode1 ........a. .......... .........c a......... .......... Tfnode2 ........a. .......... .........c a......... .......... S4 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Spr68 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Sc2 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- D13sh1 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- S20 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Spnode1 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Ms475node ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- 7024node ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- [ ' 5450 ' ' ' ] L1MdA2 TAGGATAGCA AAAA-GTCTT CTCAAGGATA AAAGAACTTC TGGCGGAATC Sd ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- L1md17 .......... ....gc.... .......... .......... ...t...... Mustc ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Znode ---------- ---------- ---------. .......c.. ...t...... Musl1O1 .......... ....-c.... .......... .......c.. ...t...... Saf ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- D16 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Tfnode1 g......... ....-c.... .......... .......c.. ...t...... Tfnode2 g......... ....-c.... .......... .......c.. ...t...... S4 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Spr68 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Sc2 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- D13sh1 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- S20 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Spnode1 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Ms475node ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- 7024node ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- [ ' 5500 ' ' ' ] L1MdA2 ACCATGCCAG ACCTAAAGCT TT-ACTACAG AGCAATTGTG ATAAAAACTG Sd ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- L1md17 .......... .......... ..-....... .......... ......c... Mustc ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Znode ........t. .......... ..-....... .......... .......... Musl1O1 ........t. .......... ..t....... .......... .......... Saf ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- D16 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Tfnode1 ........t. .......... ..-....... .......... .......... Tfnode2 ........t. .......... ..-....... .......... .......... S4 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Spr68 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Sc2 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- D13sh1 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- S20 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Spnode1 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Ms475node ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- 7024node ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- [ ' 5550 ' ' ' ] L1MdA2 CATGGTACTG GTATAGAGAC AGACAAGTAG ACCAATGGAA TAGAATTGAA Sd ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- L1md17 .......... .......... .......... .......... ..a....... Mustc ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Znode .......... .......... .......... .......... .......... Musl1O1 .......... .......... ........g. .......... .......... Saf ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- D16 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Tfnode1 .......... .......... ........g. .......... .......... Tfnode2 .......... .......... ........g. .......... .......... S4 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Spr68 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Sc2 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- D13sh1 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- S20 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Spnode1 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Ms475node ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- 7024node ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- [ ' 5600 ' ' ' ] L1MdA2 GATCCAGAAA TGAACCCACA CACCTATGGT CACTTGATCT TCGACAAGGG Sd ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- L1md17 ..c....... .......... .......... .......... .......... Mustc ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Znode ..c....... .......... .......... .......... .......... Musl1O1 ..c....... .......... .......... .......... .......... Saf ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- D16 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Tfnode1 ..c....... .......... .......... .......... .......... Tfnode2 ..c....... .......... .......... .......... .......... S4 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Spr68 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Sc2 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- D13sh1 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- S20 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Spnode1 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Ms475node ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- 7024node ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- [ ' 5650 ' ' ' ] L1MdA2 AGCTAAAACC ATCCAGTGGA AGAAAGACAG CATTTTCAAC AATTGGTGCT Sd ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- L1md17 .......... g......... .......... .......... .......... Mustc ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Znode .......... .......... .......... .......... .......... Musl1O1 ...c...... .......... .......... .......... .......... Saf ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- D16 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Tfnode1 ...c...... .......... .......... .......... .......... Tfnode2 ...c...... .......... .......... .......... .......... S4 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Spr68 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Sc2 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- D13sh1 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- S20 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Spnode1 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Ms475node ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- 7024node ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- [ ' 5700 ' ' ' ] L1MdA2 GGCACAACTG GTTGTTATCG TGTAGAAGAA TGCGAATCGA TCCATACTTA Sd ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- L1md17 ......g... .......... .......... .......... .......... Mustc ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Znode .......... .........a .......... .......... .......... Musl1O1 .......... .........a .......... ..t....... .......... Saf ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- D16 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Tfnode1 .......... .........a .......... .......... .......... Tfnode2 .......... .........a .......... .......... .......... S4 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Spr68 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Sc2 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- D13sh1 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- S20 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Spnode1 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Ms475node ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- 7024node ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- [ ' 5750 ' ' ' ] L1MdA2 TCTCCTTGTA CTAAGGTCAA ATCTAAGTGG ATCAAGGAAC TTCACATAAA Sd ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- L1md17 .......... .......... .......... .......... .......... Mustc ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Znode .......... .......... .......... .......... .......... Musl1O1 .......... .......... .......... .......... .......... Saf ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- D16 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Tfnode1 .......... .......... .......... .......... .......... Tfnode2 .......... .......... .......... .......... .......... S4 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Spr68 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Sc2 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- D13sh1 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- S20 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Spnode1 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Ms475node ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- 7024node ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- [ ' 5800 ' ' ' ] L1MdA2 ACCAGAGACA CTGAAACTTA TAGAGGAGAA AGTGGGGAAA AGCCTTGAAG Sd ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- L1md17 .......... .......... .......... .......... .......... Mustc ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Znode .......... .......... .......... .......... .......... Musl1O1 .......... .......... .......... .......... .......... Saf ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- D16 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Tfnode1 .......... .......... .......... .......... .......... Tfnode2 .......... .......... .......... .......... .......... S4 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Spr68 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Sc2 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- D13sh1 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- S20 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Spnode1 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Ms475node ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- 7024node ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- [ ' 5850 ' ' ' ] L1MdA2 ATATGGGCAC AGGGGAAAAA TTCCTGAACA GAACAGCAAT GGCTTGTGCT Sd ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- L1md17 .......t.. .......... .......... .......... .......... Mustc ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Znode .......... .......... .......... .......... .......... Musl1O1 .......... .......... .......... ...t...... .......... Saf ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- D16 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Tfnode1 .......... .......... .......... .......... .......... Tfnode2 .......... .......... .......... .......... .......... S4 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Spr68 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Sc2 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- D13sh1 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- S20 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Spnode1 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Ms475node ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- 7024node ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- [ ' 5900 ' ' ' ] L1MdA2 GTAAGATCGA GAATCGACAA ATGGGACCTA ATGAAACTGC AAAGTTTCTG Sd ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- L1md17 .......... ....t..... .......... ........c. .......... Mustc ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Znode .......... ....t..... .......... ........c. .......... Musl1O1 .......... ....t..... .......... ........c. .......... Saf ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- D16 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Tfnode1 .......... ....t..... .......... ........c. .......... Tfnode2 .......... ....t..... .......... ........c. .......... S4 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Spr68 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Sc2 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- D13sh1 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- S20 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Spnode1 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Ms475node --........ ....t..... .......... ..a.....c. .......... 7024node ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- [ ' 5950 ' ' ' ] L1MdA2 CAAGGCAAAA GACACTGTCA ATAAGACAAA AAGACCACCA ACAGATTGGG Sd ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- L1md17 .......... .....ca... .......... .......... .......... Mustc ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Znode .......... .....c.... .......... .......... .......... Musl1O1 .......... t....c.... .......... .......... .......... Saf ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- D16 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Tfnode1 .......... .........t .......... .......... .....c.... Tfnode2 .......... .........t .......... .......... .....c.... S4 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Spr68 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Sc2 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- D13sh1 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- S20 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Spnode1 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Ms475node .......... .......... .......... .......... ..g..a.... 7024node ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- [ ' 6000 ' ' ' ] L1MdA2 AAAGGATCTT TACCTATCCT AAATCAGATA GGGGACTAAT ATCCAACATA Sd ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- L1md17 .....g.... .......... .......... .......... .......... Mustc ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Znode .......... .......... .......... .......... .......... Musl1O1 .......... .......... .......... .......... .......... Saf ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- D16 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Tfnode1 .......... .......... .......... .......... .......... Tfnode2 .......... .......... .......... .......... .......... S4 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Spr68 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Sc2 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- D13sh1 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- S20 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Spnode1 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Ms475node .......... .......... .......... .......... .......... 7024node ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- [ ' 6050 ' ' ' ] L1MdA2 TATAAAGAAC TCAAGAAGGT GGACTTCAGA AAATCAAATA ACCCCATTAA Sd ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- L1md17 .......... .......... .......... .......... .......... Mustc ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Znode .......... .......... .......... .......... .......... Musl1O1 .......... .......... .......... .......... .......... Saf ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- D16 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Tfnode1 .......... .......... ....c..... .......... .....c.... Tfnode2 .......... .......... ....c..... .......... .....c.... S4 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Spr68 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Sc2 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- D13sh1 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- S20 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Spnode1 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Ms475node .......... .......... ....c..... .......... .....c.... 7024node ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- [ ' 6100 ' ' ' ] L1MdA2 AAAATGGGGC TCAGAACTGA ACAAAGAATT CTCACCCGAG GAATACCGAA Sd ---------- ---------- -------... ......t... .......... L1md17 .......... .......... .......... ......t... ......t... Mustc ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Znode .......... .......... .......... ......t... .......... Musl1O1 .......... .......... .......... .......... .......... Saf -------... .......... .......... ......t... .......... D16 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Tfnode1 .......... .......... .......... ......t... .......... Tfnode2 .......... .......... .......... ......t... .......... S4 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Spr68 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Sc2 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- D13sh1 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- S20 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Spnode1 ---------- ---------- -----..... ......t... .......... Ms475node .......... .......... .......... ......t... .......... 7024node ---------- ---------- -----..... ......t... .......... [ ' 6150 ' ' ' ] L1MdA2 TGGCAGAGAA GCACTTGAAA AAATGTTCAA CATCCTTAAT CATCAGGGAA Sd ..t....... ....c..... .......... .......... .......... L1md17 .......... ...tc..... .......t.. .......... .......... Mustc ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Znode .......... ....c..... .......... .......... .......... Musl1O1 .a........ ....c..... .......... .......... .......... Saf .......... ....c..... .......... .......... .......... D16 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Tfnode1 .......... ....c..... .......... .......... .......... Tfnode2 .......... ....c..... .......... .......... .......... S4 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Spr68 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Sc2 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- D13sh1 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- S20 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Spnode1 .......... ....c..... .......... ....t..... .......... Ms475node .......... ....c..... .......... ....t..... .......... 7024node .......... ....c..... .......... ....t..... .......... [ ' 6200 ' ' ' ] L1MdA2 ATGCAAATCA AAACAACCCT GAGATTCCAC CTCACACCAG TCAGAATGGC Sd .......... .......... .......... .......... .......... L1md17 .......... .......... .......... .......... .......... Mustc ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Znode .......... .......... .......... .......... .......... Musl1O1 .......... .......... .......... .......... .......... Saf .......... .......... .......... .......... .g.a...... D16 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Tfnode1 .......... .......... .......... .......... .g........ Tfnode2 .......... .......... .......... .......... .g........ S4 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Spr68 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Sc2 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- D13sh1 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- S20 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Spnode1 .......... .......... .......... .......... .g........ Ms475node .......... .......... .......... .......... .g........ 7024node .......... .......... .......... .....t.... .g........ [ ' 6250 ' ' ' ] L1MdA2 TAAGATCAAA AATTCAGGTG ACAGCAGATG CTGGCGAGGA TGTGGAGAAA Sd .......... ..c..g.... .......... ......t... ....a..... L1md17 ....t..... .......... .......... ......t... .......... Mustc ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Znode .......... .......... .......... ......t... .......... Musl1O1 .......... .......... .......... .......... .......... Saf .......... .......... .......... ......t... .......... D16 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Tfnode1 .......... .......... .......... .......... .......... Tfnode2 .......... .......... .......... .......... .......... S4 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Spr68 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Sc2 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- D13sh1 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- S20 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Spnode1 .......... .......... .......... ......t... .......... Ms475node .......... .......... .......... ......t... .......... 7024node .......... .......... .......... ......t... .......... [ ' 6300 ' ' ' ] L1MdA2 GAGGAACACT CCTCCATTGT TGGTGGGAGT GCAGGCTTGT ACAACCACTC Sd .......... .......... ........t. .......... .......... L1md17 .......... .......... ........t. .......... .......... Mustc ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Znode .......... .......... ........t. .......... .......... Musl1O1 .......... .......... ........t. ...a...... .......... Saf .......... .......... ........t. .......... .......... D16 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Tfnode1 .......... .......... ........t. .......... .......... Tfnode2 .......... .......... ........t. .......... .......... S4 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Spr68 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Sc2 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- D13sh1 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- S20 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Spnode1 .......... .......... ........t. .......... .......... Ms475node .......... .......... ........t. .......... .......... 7024node .....g.... .......... ........t. .......... .......... [ ' 6350 ' ' ' ] L1MdA2 TGGAAATCAG TCTGGCGGTT CCTCAGAAAA CTGGACATAG TACTACCGGA Sd .......... .....t.... .......... t......... ......t... L1md17 .......... .......... .......... t......... .......... Mustc ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Znode .......... .......... .......... t......... .......... Musl1O1 .......... .......... .......... t......... .......... Saf .......... .....t.... .......... t......... .......... D16 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------. Tfnode1 .......... .......... .......... t......... .......... Tfnode2 .......... .......... .......... t......... .......... S4 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Spr68 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Sc2 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- D13sh1 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- S20 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Spnode1 .......... .......... .......... t......... .......... Ms475node .......... .......... .......... t......... .......... 7024node .......... .......... .......... t......... .......... [ ' 6400 ' ' ' ] L1MdA2 GGATCCAGCA ATACCTCTCC TGGGCATATA TCCAGAAGAT GCCCCAACAG Sd .......... .......... .c........ .......... ........t. L1md17 -......... .......... .......... .....--... ........t. Mustc ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Znode .......... .......... .......... .......... ........t. Musl1O1 .......... .......... .......... .......... ........t. Saf .......... .......... .......... .........a ........t. D16 .......... .......... .......... .........a ...t....t. Tfnode1 .......... .......... .......... .........a ........t. Tfnode2 .......... .......... .......... .........a ........t. S4 .......... .......... .......... .........a ........t. Spr68 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Sc2 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- D13sh1 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- S20 .......... .......... .......... .........a ........t. Spnode1 .......... .......... .......... .........a ........t. Ms475node .......... .......... .......... .........a ........t. 7024node .......... .......... .......... .........a ........t. [ ' 6450 ' ' ' ] L1MdA2 GTAAGAAGGA CACATGCTCC ACTATGTTCA TAGCAGCCTT ATTTATAATA Sd .......... .......... .......... .......... .......... L1md17 .......... .......... .......... .......... .......... Mustc ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Znode .......... .......... .......... .......... .......... Musl1O1 .......... .......... .......... .......... .......... Saf .......... .......... .......... .......... .......... D16 .......... .......... .......... .......... .......... Tfnode1 .......... .......... .......... .......... .......... Tfnode2 .......... .......... .......... .......... .......... S4 .......... .......... .......... .......... .......... Spr68 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Sc2 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- D13sh1 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- S20 .......... .......... .......... .......... .......... Spnode1 .......... .......... .......... .......... .......... Ms475node .......... .......... .......... .......... .......... 7024node .......... .......... .......... .......... .......... [ ' 6500 ' ' ' ] L1MdA2 GCCAGAAGCT GGAAAGAACC TAGATGCCCC TCAACAGAGG AATGGATACA Sd .a........ .......... c......... .......... .......... L1md17 .......... .......... c......... .......... .......... Mustc ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Znode .......... .......... c......... .......... .......... Musl1O1 .......... .......... c......... .......... .......... Saf .......a.. .......... c......... .......... .......... D16 .......... .......... c......... .......... .......... Tfnode1 .......a.. .......... c......... .......... .......... Tfnode2 .......a.. .......... c......... .......... .......... S4 .......... ......c... c......... .......... .......... Spr68 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Sc2 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- D13sh1 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- S20 .......a.. .......... c......... .......... .......... Spnode1 .......a.. .......... c......... .......... .......... Ms475node .......a.. .......... c......... .......... .......... 7024node .......a.. .......... c......... .......... .......... [ ' 6550 ' ' ' ] L1MdA2 GAAAATGTGG TACATCTACA CAATGGAGTA CTACTCAGCT ATTAAAAAGA Sd .......... .......... .......... .......... .......... L1md17 .......... .......... .......... .......... .......... Mustc ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Znode .......... .......... .......... .......... .......... Musl1O1 .......... .......... .......... .......... .......... Saf .......... .......... .......... .......... .......... D16 .......... .......... .......... .......... .......... Tfnode1 .......... .......... .......... .......... .......... Tfnode2 .......... .......... .......... .......... .......... S4 .......... .........g .......... .......... .......... Spr68 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Sc2 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- D13sh1 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- S20 .......... .......... .......... .......... .......... Spnode1 .......... .......... .......... .......... .......... Ms475node .......... .......... .......... .......... .......... 7024node .......... .......... .......... .......... .......... [ ' 6600 ' ' ' ] L1MdA2 ATGAATTTAT GAAATTCCTA GCCAAATGGA TGGACCTGGA GGGCATCATC Sd .......... .......... .......... ..a....... a......... L1md17 .......... .......... .g........ .......... .......... Mustc ---------- --------.. .......... .......... .......... Znode .......... .......... .......... .......... .......... Musl1O1 .......... .......... .......... .......... .......... Saf .......... ....c..... .......... .......... .......... D16 .......... .......... .......... .......... .a........ Tfnode1 .......... .......... .......... .......... .a........ Tfnode2 .......... .......... .......... .......... .a........ S4 .......... .......... .......... .......... .a........ Spr68 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Sc2 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- D13sh1 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- S20 .......... .......... .......... .......... .a........ Spnode1 .......... .......... .......... .......... .a........ Ms475node .......... .......... .......... .......... .a........ 7024node .......... .......... .......... .......... .a........ [ ' 6650 ' ' ' ] L1MdA2 CTGAGTGAGG TAACACATTC ACAAAGAAAC TCACACAATA TGTATTCACT Sd ....a..... .......... .g....g... .......... ....c..... L1md17 .......... .......... ......g... .......... ....c..... Mustc .......... .......... ......g... .......... ....c..... Znode .......... .......... ......g... .......... ....c..... Musl1O1 .......... .......a.. ......g... .......... ....c..... Saf .......... .......... ......g... .......... ....c..... D16 .......... .......a.. ......g... .......... ....c....- Tfnode1 .......... .......a.. ......g... .......... ....c..... Tfnode2 .......... .......a.. ......g... .......... ....c..... S4 .......... .......... ......g... .......... ....c..... Spr68 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Sc2 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- D13sh1 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- S20 .......... .......... ......g... .......... ....c..... Spnode1 .......... .......... ......g... .......... ....c..... Ms475node .......... .......... ......g... .......... ....c..... 7024node .......... .......... ......g... .......... ....c..... [ ' 6700 ' ' ' ] L1MdA2 GATAAGTGGA TATTAGCCCC AAACCTAGGA TACCCAAGAT ATAAGATATA Sd .......... .......... .......... .......... ........c. L1md17 .......... .......... .......... .......... ........c. Mustc .......... .......t.a .......... .......... ........c. Znode .......... .........a .......... .......... ........c. Musl1O1 .......... ..c...---- ---------- ---------- ---------- Saf .......... .........a .......... ......c... ........c. D16 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Tfnode1 .......... ..c......a .......... ......c... ........c. Tfnode2 .......... ..c......a .......... ......c... ........c. S4 .......... .........a .......... ......c... ........c. Spr68 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Sc2 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- D13sh1 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- S20 .......... .........a .......... ......c... ........c. Spnode1 .......... .........a .......... ......c... ........c. Ms475node .......... .........a .......... ......c... ........c. 7024node .......... .........a .......... ......c... ........c. [ ' 6750 ' ' ' ] L1MdA2 ATTTGCTAAA CACATGAAAC TCAAGGAGAA TGAAGACTGA AGTGTGGACA Sd .......... .......... .....a.a.. .......... .......... L1md17 .......... .......... .....a.... .......... .......... Mustc ....c..... .......... .....a.a.. .......... .......... Znode ....c..... .......... .....a.a.. .......... .......... Musl1O1 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Saf ....c..... .......... .....a.a.. .......... .......... D16 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Tfnode1 ....c..... .......... .....a.a.. .......... .......... Tfnode2 ....c..... .......... .....a.a.. .......... .......... S4 ....c..... .......... .....a.a.. .......... .......... Spr68 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Sc2 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- D13sh1 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- S20 ....c..... .......... .....a.a.. .......... .......... Spnode1 ....c..... .......... .....a.a.. .......... .......... Ms475node ....c..... .......... c....a.a.. .......... .......... 7024node ....c..... .......... .....a.a.. .......... .......... [ ' 6800 ' ' ' ] L1MdA2 CTATG-CCCC TCCTTAGATT TGGGAACAAA ACACCCATGG AAGGAGTTAC Sd .....-.... ........ag ......t... .......... .......... L1md17 .....-.t.. ........a. .......... .......... .......... Mustc .....-t... ........ag .......... ......t... .......... Znode .....-.... ........ag .......... ......t... .......... Musl1O1 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Saf .....-.... ........ag .......... .......... .......... D16 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Tfnode1 .....-.... ........ag .......... .......... .......... Tfnode2 .....-.... ........ag .......... .......... .......... S4 .....-.... ........ag .......... .......... .......... Spr68 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Sc2 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- D13sh1 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- S20 .....c.... ........ag .......... .......... .......... Spnode1 .....c.... ........ag .......... .......... .......... Ms475node .....c.... ........ag ......a... .......... .......... 7024node .....c.... ........ag .......... .......... .g........ [ ' 6850 ' ' ' ] L1MdA2 AGAGACGGAG TTTGGAGCTG AGATGAAAGG ATGGACCATG TAGAGACTGC Sd ......aa.. ......a... ...c...... .......... .......... L1md17 .a....aa.. .......... .......... .......... .......... Mustc ......aa.. .......... .......... .......... .......... Znode ......aa.. .......... .......... .......... .......... Musl1O1 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Saf ...a..aa.. .......... .......... .......... .......... D16 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Tfnode1 ...a..aa.. .a........ .......... .......... .......... Tfnode2 ...a..aa.. .......... .......... .......... .......... S4 ...a..aa.. .......... .......... .........a .......... Spr68 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Sc2 ---------- ---------- ---------- ---------a .......... D13sh1 ---------- ---------- ---------- ---------- .......... S20 g..a..aa.. .......... .......... .........a .......... Spnode1 ...a..aa.. .......... .......... .........a .......... Ms475node ...a..aa.. ........c. .c........ .........a .......... 7024node ...a..aa.. .......... .......... .........a .......... [ ' 6900 ' ' ' ] L1MdA2 CATAGCCAGG GATCCACCCC ATAATCAGCA TCCAAACGCT GACACCATTG Sd ....t..... .......... .......... ......t.t. .t......c. L1md17 ....t..... .......... .......... .......... .......... Mustc ....t..... .......... .......... .......... .........a Znode ....t..... .......... .......... .......... .......... Musl1O1 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Saf ....t..... .......... .......... ......t... .......... D16 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Tfnode1 ....t..... .......... .........t ......t... .......... Tfnode2 ....t..... .......... .......... .......... .......... S4 ....t..... .....----- ---------- ---------- ---------- Spr68 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Sc2 ....t..... .......... .......... ......t... .......... D13sh1 ....t..... .......... .......... ......t... .......... S20 ....t..... .....----- ---------- ---------- ---------- Spnode1 ....t..... .......... .......... ......t... .......... Ms475node ....ta.... .......... .......... ......t... .......... 7024node ....t..... .......... .......... ......t... .......... [ ' 6950 ' ' ' ] L1MdA2 CATACACTAG CAAGATTTTA TTGAAAGGAC GCAGATGTAG CTGTCTCTTG Sd .......... .......... .ca....a.t c......... .......... L1md17 ....t..... .......... .c........ c......... .......... Mustc .......... .......... .c........ c.....a... .......... Znode .......... .......... .c........ c......... .......... Musl1O1 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Saf .......... .......... c.......g. c......... .......... D16 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Tfnode1 .......... .......... c......... c......... .......... Tfnode2 ....t..... .......... .c........ c......... .......... S4 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Spr68 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------. Sc2 .......... .......... c......... c......... ..a....... D13sh1 ..c....... ........-- ---------- ---------- ---------- S20 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Spnode1 ..c....... .......... c......... c......... .......... Ms475node ..c....... .......... c......... c......... .......a.. 7024node ..c....... .......... c......... c......... .......... [ ' 7000 ' ' ' ] L1MdA2 TGAGACTA-T GCCGGGGCCC AGCAAACACA GAAGTGGATG CTCACAGTCA Sd ........-. ..t....... .......... .........t .........t L1md17 ........-. .........t .......... .......... .......... Mustc ........-g .........t .......t.. .......... .......... Znode ........-. .........t .......... .......... .......... Musl1O1 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Saf ........-. .........t .......... .......... .......... D16 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Tfnode1 ........-. .........t .......... .......... .......... Tfnode2 ........-. .........t .......... .......... .......... S4 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Spr68 ........t. .........t .......... .......ta. tc........ Sc2 ........-. .........t .......... .......... .......... D13sh1 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- S20 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Spnode1 ........-. .........t .......... .......... .......... Ms475node ........-. .........t .......... .......... .......... 7024node ........-. .........t .......... .......... .c........ [ ' 7050 ' ' ' ] L1MdA2 GCTAATGGAT GGATCATAGG GCTCCCAATG GAGGAGCTAG AGAAAGTAGC Sd .......... ......c... .......... .t........ ........c. L1md17 .......... ......c... .......... .......... ........c. Mustc .......... ......c... .......... .......... .......... Znode .......... ......c... .......... .......... ........c. Musl1O1 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Saf .......... ......c... .......... .......... ........c. D16 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Tfnode1 .......... ......c... .......... .......... ........c. Tfnode2 .......... ......c... .......... .......... ........c. S4 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Spr68 .......... a.....c... ........gt .ga....... ........c. Sc2 .......... ......c... .......... .......... ........c. D13sh1 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- S20 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Spnode1 .......... ......c... .......... .......... ........c. Ms475node .......... ......c... .......... .......... ........c. 7024node .......... ......c... .......... .......... ........c. [ ' 7100 ' ' ' ] L1MdA2 CAAGGAGCTA AAGGGATCTG CAACCCTATA GGTGGAACAA CATTATGAGC Sd .......... .......... .........- ---------- ---------- L1md17 .......... .......... .......... .......... ........a. Mustc .......... .......... .......... .......... ........a. Znode .......... .......... .......... .......... ........a. Musl1O1 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Saf .......... .........t .........- ---------- ---------- D16 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Tfnode1 .......... .........t .......... .......... ........a. Tfnode2 .......... .........t .......... .......... ........a. S4 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Spr68 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Sc2 .......... .........t .......... .......... ........a. D13sh1 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- S20 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Spnode1 .......... .........t .......... .......... ........a. Ms475node .......... .........t .......... .......... ........a. 7024node .......... .........t .......... .......... ........a. [ ' 7150 ' ' ' ] L1MdA2 TAACCAGTAC CCCGGAGCTC TTGACTCTAG CTGCATATAT ATCAAAAGAT Sd ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- L1md17 .......... .......... .......... ........g. .......... Mustc .......... .......... .......... ........g. .......... Znode .......... .......... .......... ........g. .......... Musl1O1 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Saf ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- D16 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Tfnode1 .......... ...t...... .......... ........g. .......... Tfnode2 .......... ...t...... .......... ........g. .......... S4 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Spr68 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Sc2 .......... ...t...... .......... ........g. .......... D13sh1 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- S20 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Spnode1 .......... ...t...... .......... ........g. .......... Ms475node .......... ...t...... .......... ........g. .......... 7024node .......... ...t...... .......... ........g. .......... [ ' 7200 ' ' ' ] L1MdA2 GGCCTAGTCG GCCATCACTG GAAAGAGAGG CCCATTGGAC TTGCAAACTT Sd ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- L1md17 .......... .......... .......... .......... a......... Mustc .......... .......... .......... .......... .......... Znode .......... .......... .......... .......... aca....... Musl1O1 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Saf ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- D16 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Tfnode1 .......... .......... .......... .......... ac...g.... Tfnode2 .......... .......... .......... .......... ac...g.... S4 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Spr68 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Sc2 .......... .......... .......... .......... ac........ D13sh1 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- S20 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Spnode1 .......... .......... .......... .......... ac........ Ms475node .......... .......a.. .......... .......... ac........ 7024node .......... .......... .......... .......... ac........ [ ' 7250 ' ' ' ] L1MdA2 TATATGCCCC AGTACAGGGG AATACCAGGG CCAAAAAGGG GGAGTGGGTG Sd ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- L1md17 .......... .......... ..cg...... .......... .......... Mustc .......... .......... ..cg...... .......... .......... Znode .......... .......... ..cg...... .......... .......... Musl1O1 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Saf ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- D16 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Tfnode1 .g.g...... g......... ..cg...... .....gg... .......... Tfnode2 .g.g...... g......... ..cg...... .....gg... .......... S4 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Spr68 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Sc2 .......... .......... ..cg...... .......... .......... D13sh1 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- S20 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Spnode1 .......... .......... ..cg...... ..g....... .......... Ms475node .......... .......... ..cg...... ..g....... .......... 7024node .......... .......... ..cg...... ..g....... .......... [ ' 7300 ' ' ' ] L1MdA2 GGCAGGGGAG TGGGGGTGGG TGGATATGGG GGACTTTTGG TATAGCATT- Sd ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- L1md17 ..t....... ..a....... ...g...... .......... .........t Mustc ..t....... .....-.... ...g...... .......... .........- Znode ..t....... .......... ...g...... .......... .........- Musl1O1 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Saf ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- D16 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Tfnode1 ..t....... .......... ...g..a... .......... .........- Tfnode2 ..t....... .......... ...g..a... .......... .........- S4 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Spr68 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Sc2 ..t..t.... ..a....... ...g...... ....c..... .........- D13sh1 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- S20 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Spnode1 ..t....... .......... ...g...... .......... .........- Ms475node ..t....... .......... ...g...... .......... .........- 7024node ..t....... .......... ...g...... .......... .........- [ ' 7350 ' ' ] L1MdA2 GGAAATGTAA ATGA-GTTAA ATACCTAATA AAAAATGGAA AAAAAAA Sd ---------- ---------- ---------- ---------- ------- L1md17 .t........ ....a.c... .......... ..-------- ------- Mustc .......... ....-.c... .......... ......aa.. ....--- Znode .......... ....-.c... .......... .......... ....... 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