#NEXUS [!Imported GCG-MSF file "c:\tf\tfullen.nxx" (Thu Sep 30 09:22:42 1999)] [ Tfullen.Nxx MSF: 5882 Type: N September 29, 1999 17:14 Check: 2328 .. ] Begin data; Dimensions ntax=20 nchar=5882; Format datatype=DNA interleave gap=- matchchar=.; Matrix [ 1550 ' ' ' ] L1mda2 ACTTCTGCCA GGAGTCTGGT TCGAACACCA GATATCTGGG TACCTGCCTT Tfnode1 t....g.... ....-ga... c.a..t..a. ........c. c....t..c. Ac5403lr ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Ac5938a t....g.... ....-ga... c.a..t..a. ........c. c....t..c. Af081114 t....g.... ....-ga... c.a..t..a. ........t. c....t..c. Af081108 t....g.... ....-ga... c.a..t..a. ........c. c....t..c. Af081110 t....g.... ....-ga... c.a..t..a. ........c. c....t..c. Af081104 t....g.... ....-ga... c.a..t..a. ........c. c....t..c. Af081105 t....g.... ....-ga... c.a..t..a. ........c. c....t..c. Af081112 t....g.... ....-ga... c.a..t..a. ........c. c....t..c. Af081107 t....g.... ....-ga..c c.a..t..a. ........c. c....t..c. 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Af081104 .......... .......... .......t.. .......... .......... Af081105 .......... .......... .......t.. .......... .......... Af081112 .......... .......... .......t.. .......... .......... Af081107 .......... .......... .......t.. .......... .......... Ac5938b .......... .......... .......t.. .......... .......... Tfnode2 .......... .......... .......t.. .......... .......... Af081113 .......... .......... .......t.. .......c.. .......... Af081106 .......... .......... .......t.. .......... .......... L1md4 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- L1orl .......... .......... .......t.. ......t... .......... Af081111 .......... .......... .......t.. .......... .......... Af081109 .......... .......... .......t.. .......... .......... L1spa .......... .......... .......t.. .......... .......... [ 2500 ' ' ' ' ] L1mda2 AATATTAAAA GCAGTAAGGG AGAAAGGTCA AGTAACATAT AAAGGAAGGC Tfnode1 ....c..... .......... .a........ .......... .....c.a.. Ac5403lr ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Ac5938a ....c..... .......... .a........ .....a.... .....c.a.. Af081114 ....c..... .......... .a........ .......... .....c.a.. Af081108 ....c..... .......... .a........ .......... .....c.a.. Af081110 ....c..... .......... .a........ .a........ .....c.a.. Af081104 ....c..... .......... .a........ .......... .....c.a.. Af081105 ....c..... .......... .a........ .......... .....c.a.. Af081112 ....c..... .......... .a........ .......... .......a.. Af081107 ....c..... .......... .a........ .......... .....c.a.. Ac5938b ....c...g. .......... .a........ .......... .....c.a.. Tfnode2 ....c..... .......... .a........ .......... .....c.a.. Af081113 ....c..... .......... .a........ .......... .....c.a.. Af081106 ....c..... .......... .a........ .......... .....c.a.. L1md4 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- L1orl ....c..... .......... .a........ .......... .....c.a.. Af081111 ....c..... .......... .a........ .......... .....c.a.. Af081109 ....c..... .......... .a........ .......... .....c.a.. L1spa ....c..... .......... .a........ .......... .....c.a.. [ 2550 ' ' ' ' ] L1mda2 CTATCAGAAT TACACCAGAC TTTTCACCAG AGACTATGAA AGCCAGAAGA Tfnode1 .......... .........t .......... .......... .......... Ac5403lr ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Ac5938a .......... .........t .......... .......... .......... Af081114 .......... .........t .......... .......... .......... Af081108 .......... .........t .......... .......... .......... Af081110 .......... .........t .......... .......... .......... Af081104 .......... .........t .......... .......... .......... Af081105 .......... .........t .......... .......... .......... Af081112 .......... .........t .......... .......... .......... Af081107 .......... .........t .......... .......... .......... Ac5938b .......... .........t .......... .......... .......... 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Af081111 .......... ..a....... .........t ......g... .......... Af081109 .......... ..a....... .........t ......g... .......... L1spa .......... ..a....... .........t ......g... .......... [ 2700 ' ' ' ' ] L1mda2 TATTCCACGA CAAAACCAAG TTCACACAAT ATCTTTCCAC GAATCCAGCC Tfnode1 .......... .........a .....g..t. ....c..... .......... Ac5403lr ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Ac5938a .......... .........a .....g..t. ....c..... .......... Af081114 .......... .........a .....g..t. ....c..... .......... Af081108 .......... .........a .....g..t. ....c..... .......... Af081110 .......... .........a .....g..t. ....c..... .......... Af081104 .......... .........a .....g..t. ....c..... .......... Af081105 .......... .........a .....g..t. ....c..... .......... Af081112 .......... .........a .....g..t. ....c..... .......... Af081107 .......... .........a .....g..t. ....c..... .......... Ac5938b .......... .........a .....g..t. ....c..... .......... Tfnode2 .......... .........a .....g..t. ....c..... .......... Af081113 .......... .........a .....g..t. ....c..... .......... Af081106 .......... .........a .....g..t. ....c..... .......... L1md4 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- L1orl .......... .........a .....g..t. ....c..... .......... Af081111 .......... .........a .....g..t. ....c..... .......... Af081109 .......... .........a .....g..t. ....c..... .......... L1spa .......... .........a .....g..t. ....c..... .......... [ 2750 ' ' ' ' ] L1mda2 CTTCAAAGGA TAATAACAGA AAAGAAACAA TACAAGGACG GAAATCACGC Tfnode1 .......... .......... ...a..c... ......a... .g..ca.... Ac5403lr ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Ac5938a .......... .......... ...a..c... ......a... .g..ca.... Af081114 .......... .......... ...a..c... ......a... .g..ca.... Af081108 .......... .......... ...a..c... ......a... .g..ca.... Af081110 .......... .......... ...a..c... ......a... .g..ca.... 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Af081111 .......a.. a......g.. ....cc.... ......t... .......... Af081109 .......a.. a......g.. ....cc.... ......t... .......... L1spa .......a.. a......g.. ....cc.... ......t... .......... [ 2850 ' ' ' ' ] L1mda2 CACAAGAACA GAATGCCAAC TCTAACAACA AAAATAAAAG GGAGCAACAA Tfnode1 .......... ........c. .t.......t .......c.. .a........ Ac5403lr ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Ac5938a .......... ........c. .t.......t .......c.. .a........ Af081114 .......... ........c. .t.......t .......c.. .a........ Af081108 .......... ........c. .t.......t .......c.. .a........ Af081110 .......... ........c. .t.......t .......c.. .a........ Af081104 .......... ........c. .t.......t .......c.. .a........ Af081105 .......... ........c. .t.......t .......c.. .a........ Af081112 .......... ........c. .t.......t .......c.. .a........ Af081107 .......... ........c. .t.......t .......c.. .a........ Ac5938b .......... ........c. .t.......t .......c.. .a........ 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Af081111 .......... .......a.. .......... ....a..... ......t... Af081109 .......... .......a.. .......... ....a..... ......t... L1spa .......... .......a.. .......... ....a..... ......t... [ 3000 ' ' ' ' ] L1mda2 TGCTTACAGG AAACCCATCT CAGGGAAAAA GACAGACACT ACCTCAGAGT Tfnode1 .......... ....t..... ...a...... ..t....... ........a. Ac5403lr ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Ac5938a .......... ....t..... ...a...... ..t....... ........a. Af081114 .......... ....t..... ...a...... ..t....... ........a. Af081108 .......... ....t..... ...a...... ..t....... ........a. Af081110 .......... ....t..... ...a...... ..t....... ........a. Af081104 .......... ....t..... ...a...... ..t....... ........a. Af081105 .......... ....t..... ...a...... ..t....... ........a. Af081112 .......... ....t..... ...a...... ..t....... ........a. Af081107 .......... ....t..... ...a...... ..t....... ........a. Ac5938b .......... ....t..... ...a...... ..t....... ........a. Tfnode2 .......... ....t..... ...a...... ..t....... ........a. Af081113 .......... ....t..... ...a...... ..t....... ........a. Af081106 .......... ....t..... ...a...... ..t....... ........a. L1md4 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- L1orl .......... ....t..... ...a...... ..t....... ........a. Af081111 .......... ....t..... ...a...... ..t....... ........a. Af081109 .......... ....t..... ...a...... ..t....... ........a. L1spa .......... ....t..... ...a...... ..t....... ........a. [ 3050 ' ' ' ' ] L1mda2 GAAAGGCTGG AAAACAATTT TCCAAGCAAA TGGACTGAAG AAACAAGCTG Tfnode1 .......... .......... .......... ...ta..... ........a. Ac5403lr ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Ac5938a .......... .......... .......... ...ta..... ........a. Af081114 .......... .......... .......... ...ta..... ........a. Af081108 .......... .......... .......... ...ta..... ........a. Af081110 .......... .......... .......... ...ta..... ........a. 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Af081111 .......... cc.......t .....g..t. .......... ......c... Af081109 .......... cc.......t .....g..t. .......... ......c... L1spa .......... cc.......t .....g..t. .......... ......c... [ 3150 ' ' ' ' ] L1mda2 AAAAAAGACA AGGAGGGACA CTTCATACTC ATCAAAGGTA AAATCCTCCA Tfnode1 .......... .......... ......t... .......... .......... Ac5403lr ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Ac5938a .......... .......... ......t... .......... .......... Af081114 .......... .......... t.....t... .......... .......... Af081108 .......... .......... ......t... .......... .......... Af081110 .......... .......... ......t... .......... .......... Af081104 .......... .......... ......t... .......... .......... Af081105 .......... .......... ......t... .......... .......... Af081112 .......... .......... ......t... .......... .......... Af081107 .......... .......... ......t... .......... .......... Ac5938b .......... .......... ......t... .......... .......... Tfnode2 .......... .......... ......t... .......... .......... Af081113 .......... .......... ......t... .......... .......... Af081106 .......... .......... ......t... .......... .......... L1md4 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- L1orl .......... .......... ......t... .......... .......... Af081111 .......... .......... ......t... .......... .......... Af081109 .......... .......... ......t... .......... .......... L1spa .......... .......... ......t... .......... .......... [ 3200 ' ' ' ' ] L1mda2 AGAGGAACTC TCAATTCTGA ATATCTACGC ACCAAATGCA AGGGCAGCCA Tfnode1 .......... .......... .......t.. t......a.. ..a....... Ac5403lr ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Ac5938a .......... .......... .......t.. t......a.. ..a....... Af081114 .......... .......... .......t.. t......a.. ..a....... Af081108 .......... .......... .......t.. t......a.. ..a....... Af081110 .......... .......... .......t.. t......a.. ..a....... 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Af081111 .......... t......... .......... .......... .......... Af081109 .......... t......... .......... .......c.. .......... L1spa .......... t......... .......... .......c.. .......... [ 3450 ' ' ' ' ] L1mda2 GGATATACCT TCTTCTCAGC ACCTCACGGG ACCTTCTCCA AAATTGACCA Tfnode1 .......... .......... ......t..t .......... .......... Ac5403lr ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Ac5938a .......... .......... ......t..t .......... .......... Af081114 .......... .......... ......t..t .......... .......... Af081108 .......... .......... ......t..t .......... .......... Af081110 .......... .......... ......t..t .......... .......... Af081104 .......... .......... ......t..t .......... .......... Af081105 .......... .......... ......t..t .......... .......... Af081112 .......... .......... ......t..t .......... .......... Af081107 .......... .......... ......t..t .......... .......... Ac5938b .......... .......... ......t..t .......... .......... Tfnode2 .......... .......... ......t..t .......... .......... Af081113 .......... .......... ......t..t .......... .......... Af081106 .......... .......... ......t..t .......... .......... L1md4 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- L1orl .......... .......... ......t..t .......... .......... Af081111 .......... .......... ......t..t .......... .......... Af081109 .......... .......... ......t..t .......... .......... L1spa .......... .......... ......t..t .......... .......... [ 3500 ' ' ' ' ] L1mda2 TATAATTGGT CACAAAACAG GCCTCAATAG ATACAAAAAT ATTGAAATTG Tfnode1 c.....a... ......t... .......c.. ..t....... .......... Ac5403lr ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Ac5938a c.....a... ......t... .......c.. .......... .......... Af081114 c.....a... ......t... .......c.. ..t....... .......... Af081108 c.....a... ......t... .......c.. ..tt...... .......... Af081110 c.....a... ......t... .......c.. ..t....... .......... Af081104 c.....a... ......t... .......c.. ..t....... .......... Af081105 c.....a... ......t... .......c.. ..t....... .......... Af081112 c.....a... ......t... .......c.. ..t....... .......... Af081107 c.....a... ......t... .......c.. ..t....... .......... Ac5938b c.....a... ......t... .......c.. ..t....... .......... Tfnode2 c.....a... ......t... .......c.. ..t....... .......... Af081113 c.....a... ......t... .......c.. ..t....... .......... Af081106 c.....a... ......t... .......c.. ..t....... .......... L1md4 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- L1orl c.....a... ......t... .......c.. ..t....... .......... Af081111 c.....a... ......t... .......c.. ..t....... .......... Af081109 c.....a... ......t... .......c.. ..ta...... .......... L1spa c.....a... ......t... .......c.. ..ta...... .......... [ 3550 ' ' ' ' ] L1mda2 TCCCATGTAT CCTATCAGAC CACCATGGCC TAAGACTGAT CTTCAATAAC Tfnode1 .......... .........t .......ca. ....g..... .......... Ac5403lr ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Ac5938a .......... .........t .......ca. ....g..... .......... Af081114 .......... .........t .......ca. ....g..... .......... Af081108 .......... .........t .......ca. ....g..... .......... Af081110 .......... .........t .......ca. ....g..... .......... Af081104 .......... .........t .......ca. ....g..... .......... Af081105 .......... .........t .......ca. ....g..... .......... Af081112 .......... .........t .......ca. ....g..... .......... Af081107 .......... .........t ......aca. ....g..... .......... Ac5938b .......... .........t .......ca. ....g..... .......... Tfnode2 .......... .........t .......ca. ....g..... .......... Af081113 .......... .........t .......ca. ....g..... .......... Af081106 .......... .........t .......ca. ....g..... .......... L1md4 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- L1orl .......... .........t .......ca. ....g..... .......... Af081111 .......... .........t .......ca. ....g..... .......... Af081109 .......... .........t .......ca. ....g..... .......... L1spa .......... .........t .......ca. ....g..... .......... [ 3600 ' ' ' ' ] L1mda2 AACATAAATA ATGGAAAGCC AACATTCACG TGGAAACTGA ATAACACTCT Tfnode1 ..a....... .ca....... .........a .......... .c........ Ac5403lr ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Ac5938a ..a....... .ca....... .........a .......... .c........ Af081114 ..a....... .ca....... .........a .......... .c........ Af081108 ..a....... .ca....... .........a .......... .c........ Af081110 ..a....... .ca....... .........a .......... .c........ Af081104 ..a....... .ca....... ....c..... .......... .c........ Af081105 ..a....... .ca....... ....c..... .......... .c........ Af081112 ..a....... .ca....... .........a .......... .c........ Af081107 ..a....... .ca....... .........a .......... .c........ Ac5938b ..a....... .ca....... .........a .......... .c........ Tfnode2 ..a....... .ca....... .........a .......... .c........ Af081113 ..a....... .ca....... .........a .......... .c........ Af081106 ..a....... .ca....... .........a .......... .c........ L1md4 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- L1orl ..a....... .ca....... .........a .......... .c........ Af081111 ..a....... .ca....... .........a .......... .c........ Af081109 ..a....... .ca....... .........a .......... .c........ L1spa ..a....... .ca....... .........a .......... .c........ [ 3650 ' ' ' ' ] L1mda2 TCTCAATGAT ACCTTGGTCA AGGAAGGAAT AAAGAAAGAA ATTAAAGACT Tfnode1 .......... .......... .......... .......... .......... Ac5403lr ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Ac5938a .......... .......... .......... .......... .......... Af081114 .......... .......... .......... .......... .......... Af081108 .......... .......... .......... .......... .......... Af081110 .......... .......... .......... .......... .......... Af081104 .......... .......... .......... .......... .......... Af081105 .......... .......... .......... .......... .......... Af081112 .......... .......... .......... .......... .......... Af081107 .......... .......... .......... .......... .......... Ac5938b .......... .......... .......... .......... .......... Tfnode2 .......... .......... .......... .......... .......... Af081113 .......... .......... .......... .......... .......... Af081106 .......... .......... .......... .......... .......... L1md4 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- L1orl .......... .......... .......... .......... .......... Af081111 .......... .......... .......... .......... .......... Af081109 .......... .......... .......... .......... .......... L1spa .......... .......... .......... .......... .......... [ 3700 ' ' ' ' ] L1mda2 TTTTAGAGTT TAATGAAAAT GAAGCCACAA CGTACCCAAA CCTATGGGAC Tfnode1 .......... .......... .......... .......... ...t...... Ac5403lr ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Ac5938a .......... .......... .......... .......... ...t...... Af081114 .......... .......... .......... .......... ...t...... Af081108 .......... .......... .......... .......... ...t...... Af081110 .......... .......... .......... .......... ...t...... Af081104 .......... .......... .......... .......... ...t...... Af081105 .......... .......... .......... .......... ...t...... Af081112 .......... .......... .......... .......... ...t...... Af081107 .......... .......... .......... .......... ...t...... Ac5938b .......... .......... .......... .......... ...t...... Tfnode2 .......... .......... .......... .......... ...t...... Af081113 .......... .......... .......... .......... ...t...... Af081106 .......... .......... .......... .......... ...t...... L1md4 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- L1orl .......... .......... .......... .......... ...t...... Af081111 .......... .......... .......... ......t... ...t...... Af081109 .......... .......... .......... .......... ...t...... L1spa .......... .......... .......... .......... ...t...... [ 3750 ' ' ' ' ] L1mda2 ACAATGAAAG CATTTCTAAG AGGGAAACTC ATAGCGCTGA GTGCCTCCAA Tfnode1 .......... .......... .......... .....ta... ......t... Ac5403lr ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Ac5938a .......... .......... .......... .....ta... ......t... Af081114 .......... .......... .......... .....ta... ......t... Af081108 .......... .......... .......... .....ta... ......t... Af081110 .......... .......... .......... .....ta... ......t... Af081104 .......... .......... .......... .....ta... ......t... Af081105 .......... .......... .......... .....ta... ......t... Af081112 .......... .......... .......... .....ta... ......t... Af081107 .......... .......... .......... .....t.... .........t Ac5938b .......... .......... .......... .....ta... ......t... Tfnode2 .......... .......... .......... .....ta... ......t... Af081113 .......... .......... .......... .....ta... ......t... Af081106 .......... .......... .......... .....ta... ......t... L1md4 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- L1orl .......... .......... .......... .....ta... ......t... Af081111 .......... .......... .......... .....ta... ......t... Af081109 .......... .......... .......... .....ta... ......t... L1spa .......... .......... .......... .....ta... ......t... [ 3800 ' ' ' ' ] L1mda2 GAAGAAACGG GAGACAGCAC ATACTAGCAG CTTGACAACA CATCTAAAAG Tfnode1 ...a...... ....g..... .......... .......... .......... Ac5403lr ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Ac5938a ...a...... ....g..... .......... .......... .......... Af081114 ...a...... ....g..... .......... .......... .......... Af081108 ...a...... ....g..... .......... .......... .......... Af081110 ...a...... ....g..... .......... .......... .......... Af081104 ...a...... ....g..... .......... .......... .......... Af081105 ...a...... ....g..... .......... .......... .......... Af081112 ...a...... ....g..... .......... .......... .......... Af081107 t......... ....g..... .......... .......... .......... Ac5938b ...a...... ....g..... .......... .........- .......... Tfnode2 ...a...... ....g..... .......... .......... .......... Af081113 ...a...... ....g..... .......... .......... .......... Af081106 ...a...... ....g..... .......... .......... .......... L1md4 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- L1orl ...a...... ....g..... .......... .......... .......... Af081111 ...a...... ....g..... .......... .......... .......... Af081109 ...a...... ....g..... .......... .......... .......... L1spa ...a...... ....g..... .......... .......... .......... [ 3850 ' ' ' ' ] L1mda2 CCCTAGAAAA AAAGGAAGCA AATTCACCCA AGAGGAGTAG ACGGCAGGAA Tfnode1 .t........ .......... .......... .......... .......... Ac5403lr ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Ac5938a .t........ .......... .......... .......... .......... Af081114 .t........ .......... .......... .......... .......... Af081108 .t........ .......... .......... .......... .t........ Af081110 .t........ .......... .......... .......... .......... Af081104 .t........ .......... .......... .......... .......... Af081105 .t........ .......... .......... .......... .......... Af081112 .t........ .......... .......... .......... .......... Af081107 .t........ .......... .......... .......... .......... Ac5938b .t........ .......... .......... .......... .......... Tfnode2 .t........ .......... .......... .......... .......... Af081113 .t........ .......... .......... .......... .......... Af081106 .t........ .......... .......... .......... .......... L1md4 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- L1orl .t........ .......... .......... .......... .......... Af081111 .t........ .......... .......... .......... .......... Af081109 .t........ .......... .......... .......... .......... L1spa .t........ .......... .......... .......... .......... [ 3900 ' ' ' ' ] L1mda2 ATAATCAAAC TCAGGGGTGA AATCAACCAA GTGGAAACAA GAAGAACTAT Tfnode1 .......... .......... .......... .......... .......... Ac5403lr ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Ac5938a .......... .......... .......... .......... .......... Af081114 .......... .......... .......... .......... .......... Af081108 .......... .......... .......... .......... .......... Af081110 .......... .......... .......... .......... .......... Af081104 .......... .......... .......... .......... .......... Af081105 .......... .......... .......... .......... .......... Af081112 .......... .......... .......... .......... .......... Af081107 .......... .......... .......... .......... .......... Ac5938b .......... .......... .......... .......... .......... Tfnode2 .......... .......... .......... .......... .......... Af081113 .......... .......... .......... .......... .......... Af081106 .......... .......... .......... .......... .......... L1md4 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- L1orl .......... .......... .......... .......... .......... Af081111 .......... .......... .......... .......... .......... Af081109 .......... .......... .......... .......... .......... L1spa .......... .......... .......... .......... .......... [ 3950 ' ' ' ' ] L1mda2 TCAAAGAATT AACCAAACGA GGAGTTGGTT CTTTGAGAAA ATCAACAAGA Tfnode1 .......... .......... .......... .......... .......... Ac5403lr ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Ac5938a .......... .......... .......... .......... .......... Af081114 .......... .......... .......... .......... .......... Af081108 .......... .......g.. .......... .......... .......... Af081110 .......... .......... .......... .......... .......... Af081104 .......... .......... .......... .......... .......... Af081105 .......... .......... .......... .......... .......... Af081112 .......... .......... .......... .......... .......... Af081107 .......... .......... .......... .......... .......... Ac5938b .......... .......... .......... .......... .......... Tfnode2 .......... .......... .......... .......... .......... Af081113 .......... .......... .......... .......... .......... Af081106 .......... .......... .......... .......... .......... L1md4 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- L1orl .......... .......... .......... .......... .......... Af081111 .......... .......... .......... .......... .......... Af081109 .......... .......... .......... .......... .......... L1spa .......... .......... .......... .......... .......... [ 4000 ' ' ' ' ] L1mda2 TAGATAAACC CTTAGCTAGA CTCACTAAAG GGCACAGGGA CAAAATCCTA Tfnode1 .......... .......... .......... .......... .......... Ac5403lr ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Ac5938a .......... .......... .......... .......... .......... Af081114 .......... .......... .......... .......... .......... Af081108 .......... .......... .......... .......... .......... Af081110 c......... .......... .......... .......... .......... Af081104 .......... .......... .......... .......... .......... Af081105 .......... .......... .......... .......... .......... Af081112 .......... ........c. .......... .......... .......... Af081107 .......... .......... .......... .......... .......... Ac5938b .......... .......... .......... .......... .......... Tfnode2 .......... .......... .......... .......... .......... Af081113 .......... .......... .......... .......... .......... Af081106 .......... .......... .......... .......... .......... L1md4 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- L1orl .......... .......... .......... .......... .......... Af081111 .......... .......... .......... .......... .......... Af081109 .......... .......... .......... .......... .......... L1spa .......... .......... .......... .......... .......... [ 4050 ' ' ' ' ] L1mda2 ATTAACAAAA TCAGAAATGA AAAGGGAGAC ATAACAACAG ATCCTGAAGA Tfnode1 .......... .......... .......... .......... .......... Ac5403lr ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Ac5938a .......... .......... .......... .......... .......... Af081114 .......... .......... .......... .......... .......... Af081108 .......... ......c... .......... .......... .......... Af081110 .......... .......... .......... .......... .......... Af081104 .......... .......... .......... .......... .......... Af081105 .......... .......... .......... .......... .......... Af081112 .......... ......c... .......... .......... .......... Af081107 .......... .......... .......... .......... .......... Ac5938b .......... .......... .......... .......... .......... Tfnode2 .......... .......... .......... .......... .......... Af081113 .......... .......... .......... .......... .......... Af081106 .......... .......... .......... .......... .......... L1md4 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- L1orl .......... .......... .......... .......... .......... Af081111 .......... .......... .......... .......... .......... Af081109 .......... .......... .......... .......... .......... L1spa .......... .......... .......... .......... .......... [ 4100 ' ' ' ' ] L1mda2 AATCCAAAAC ACCATCAGAT CCTTCTACAA AAGGCTATAC TCAACAAAAC Tfnode1 .......... .......... .......... .......... .......... Ac5403lr ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Ac5938a .......... .......... .......... .......... .......... Af081114 .......... .......... .......... .......... .......... Af081108 .......... .......... .......... .......... .......... Af081110 .......... ..a....... .......... .......... .......... Af081104 .......... .......... .......... .......... .......... Af081105 .......... .......... .......... .......... .......... Af081112 .......... .......... .......... .......... .......... Af081107 .......... .......... .......... ...ct..... .......... Ac5938b .......... .......... .......... .......... .......... Tfnode2 .......... .......... .......... .......... .......... Af081113 .......... .......... .......... .......... .......... Af081106 .......... .......... .......... .......... .......... L1md4 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- L1orl .......... .......... .......... .......... .......... Af081111 .......... .......... .......... .......... .......... Af081109 .......... .......... .......... .......... .......... L1spa .......... .......... .......... .......... .......... [ 4150 ' ' ' ' ] L1mda2 TGGAAAACCT GGACGAAATG GACAAATTTC TGGACAGATA CCAGGTACCA Tfnode1 .......... .......... .......... .......... .......... Ac5403lr ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Ac5938a .......... .......... .......... .......... .......... Af081114 .......... .......... .......... .......... .......... Af081108 .......... .......... .......... .......... .......... Af081110 .......... .......... .......... .......... .......... Af081104 .......... .......... .......... .......... .......... Af081105 .......... .......... .......... .......... .......... Af081112 .......... .......... .......... .......... .......... Af081107 .......... .......... .......... .......... .......... Ac5938b .......... .......... .......... .......... .......... Tfnode2 .......... .......... .......... .......... .......... Af081113 .......... .......... .......... .......... .......... Af081106 .......... .......... .......... .......... .......... L1md4 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- L1orl .......... .......... .......... .......... .......... Af081111 .......... .......... .......... .......... .......... Af081109 .......... .......... .......... .......... .......... L1spa .......... .......... .......... .......... .......... [ 4200 ' ' ' ' ] L1mda2 AAGTTGAATC AGGATCAAGT TGACCATCTA AACAGTCCCA TATCACCTAA Tfnode1 .......... .......... .....t.... .......... ....c..... Ac5403lr ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Ac5938a .......... .......... .....t.... .......... ....c..... Af081114 .......... .......... .....t.... .......... ....c..... Af081108 .......... .......... .....t.... .......... ....c..... Af081110 .......... .......... .....t.... .......... ....c..... Af081104 .......... .......... .....t.... .......... ....c..... Af081105 .......... .......... .....t.... .......... ....c..... Af081112 .......... .......... .....t.... .......... ....c..... Af081107 .......... .......... .....t.... .......... ....c..... Ac5938b .......... .......... .....t.... .......... ....c..... Tfnode2 .......... .......... .....t.... .......... ....c..... Af081113 .......... .......... .....t.... .......... ....c..... Af081106 .......... .......... .....t.... .......... ....c..... L1md4 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- L1orl .......... .......... .....t.... .......... ....c..... Af081111 .......... .......... .....t.... .......... ....c..... Af081109 .......... .......... .....t.... .......... ....c..... L1spa .......... .......... .....t.... .......... ....c..... [ 4250 ' ' ' ' ] L1mda2 AGAAATAGAA GCAGTTATTA ATAGTCTCCC AACCAAAAAA AGCCCAGGAC Tfnode1 .......... .......... .......... .g........ .......... Ac5403lr ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Ac5938a .....g.... .......... .......... .g........ .......... Af081114 .......... .......... .......... .g........ .......... Af081108 .......... .......... .......... .g........ .......... Af081110 .......... .......... .......... .g........ .......... Af081104 .......... .......... .......... .g........ .......... Af081105 .......... .......... .......... .g........ .......... Af081112 .......... .......... ...c...... .g........ .......... Af081107 .......... .......... .......... .g........ .......... Ac5938b .....g.... .......... .......... .g........ .......... Tfnode2 .......... .......... .......... .g........ .......... Af081113 .......... .......... .......... .g........ .......... Af081106 .......... .......... .......... .g........ .......... L1md4 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- L1orl .......... .......... .......... .g........ .......... Af081111 .......... .......... .......... .g........ .......... Af081109 .......... .......... .......... .g........ .......... L1spa .......... .......... .......... .g........ .......... [ 4300 ' ' ' ' ] L1mda2 CAGATGGGTT TAGTGCAGAG TTCTATCAGA CCTTCAAAGA AGATCTAATT Tfnode1 ....c..... .......... .......... .......... ........c. Ac5403lr ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Ac5938a ....c..... .......... .......... .......... ........ca Af081114 ....c..... .......... .......... .......... ........c. Af081108 ....c..... .......... .....a.... .......... ........c. Af081110 ....c..... .......... .......... .......... ........c. Af081104 ....c..... .......... .......... .......... ........c. Af081105 ....c..... .......... .......... .......... ........c. Af081112 ....c..... .......... .......... .......... ........c. Af081107 ....c..... .......... .......... .......... ........c. Ac5938b ....c..... .......... .......... .......... ........c. Tfnode2 ....c..... .......... .......... .......... ........c. Af081113 ....c..... .......... .......... .......... ........c. Af081106 ....c..... .......... .......... .......... ........c. L1md4 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- L1orl ....c..... .......... .......... .......... ........c. Af081111 ....c..... .......... .......... .......... ........c. Af081109 ....c..... .......... .......... .......... ........c. L1spa ....c..... .......... .......... .......... ........c. [ 4350 ' ' ' ' ] L1mda2 CCAATTCTGC ACAAACTATT TCACAAAATA GAAGTAGAAG GTACTCTACC Tfnode1 ...g...... .......t.. ......g... .......... ...t...... Ac5403lr ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Ac5938a ...g...... .......t.. ......g... .......... ...t...... Af081114 ...g...... .......t.. ......g... .......... ...t...... Af081108 ...g...... .......t.. ......g... .......... ...t...... Af081110 ...g...... .......t.. ......g... .......... ...t...... Af081104 ...g...... .......t.. ......g... .......... ...t...... Af081105 ...g...... .......t.. ......g... .......... ...t...... Af081112 ...g...... .......t.. ......g... .......... ...t...... Af081107 ...g...... .......t.. ......g... .......... ...t...... Ac5938b ...g...... .......t.. ......g... .......... ...t...... Tfnode2 ...g...... .......t.. ......g... .......... ...t...... Af081113 ...g...... .......t.. ......g... .......... ...t...... Af081106 ...g...... .......t.. ......g... .......... ...t...... L1md4 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- L1orl ...g...... .......t.. ......g... .......... ...t...... Af081111 ...g...... .......t.. ......g... .......... ...t...... Af081109 ...g...... .......t.. ......g... .......... ...t...... L1spa ...g...... .......t.. ......g... .......... ...t...... [ 4400 ' ' ' ' ] L1mda2 CAACTCATTT TATGAAGCCA CTATTACTCT GATACCTAAA CCACAGAAAG Tfnode1 .......... .......... .......... .......... .......... Ac5403lr ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Ac5938a .......... .......... .......... .......... .......... Af081114 .......... .......... .......... .......... .......... Af081108 .......... .......... .......... .......... .......... Af081110 .......... .......... .......... .......... .......... Af081104 .......... .......... .......... .......... .......... Af081105 .......... .......... .......... .......... .......... Af081112 .......... .......... .......... .......... .......... Af081107 .......... .......... .......... .......... .......... Ac5938b .......... .......... .......... .......... .......... Tfnode2 .......... .......... .......... .......... .......... Af081113 .......... .......... .......... .......... .......... Af081106 .......... .......... .......... .......... .......... L1md4 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- L1orl .......... .......... .......... .......... .......... Af081111 .......... .......... .......... .......... .......... Af081109 .......... .......... .......... .......... .......... L1spa .......... .......... .......... .......... .......... [ 4450 ' ' ' ' ] L1mda2 ATCCAACAAA GATAGAGAAC TTCAGACCAA TTTCTCTTAT GAATATCGAT Tfnode1 .......... .......... .......... .......... ...c...... Ac5403lr ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Ac5938a .......... .......... .......... .......... ...c...... Af081114 .......... .......... .......... .......... ...c...... Af081108 .......... .......... .......... .......... .......... Af081110 .......... .......... .......... .......... ...c..t... Af081104 .......... .......... .......... .......... ...c...... Af081105 .......... .......... .......... .......... ...c...... Af081112 .......... .......... .......... .......... ...c...... Af081107 .......... .......... .......... .......... ...c...... Ac5938b .......... .......... .......... .......... ...c...... Tfnode2 .......... .......... .......... .......... ...c...... Af081113 .......... .......... .......... .......... ...c...... Af081106 .......... .......... .......... .......... ...c...... L1md4 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- L1orl .......... .......... .......... .......... ...c...... Af081111 .......... .......... .......... .......... ...c...... Af081109 .......... .......... .......... .......... ...c...... L1spa .......... .......... .......... .......... ...c...... [ 4500 ' ' ' ' ] L1mda2 GCAAAAATCC TCAATAAAAT TCTCGCTAAC CGAATCCAAG AACACATTAA Tfnode1 ........t. .t........ .......... .......... .......... Ac5403lr ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Ac5938a .......... .t........ .......... .......... .......... Af081114 .......... .t........ .......... .......... .......... Af081108 .......... .t........ .......... .......... .......... Af081110 ........t. .t........ .......... .......... .......... Af081104 ........t. .t........ .......... .......... .......... Af081105 ........t. .t........ .......... .......... .......... Af081112 .......... .t........ .......... .......... .......... Af081107 .......... .t........ .......... .......... .......... Ac5938b .......... .t........ .......... .......... .......... Tfnode2 .......... .t........ .......... .......... .......... Af081113 .......... .t........ .......... .......... .......... Af081106 .......... .t........ .......... .......... .......... L1md4 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- L1orl .......... .t........ .......... .......... .......... Af081111 ........t. .t........ .......... .......... .......... Af081109 .......... .t........ .......... .......... .......... L1spa .......... .t........ .......... .......... .......... [ 4550 ' ' ' ' ] L1mda2 AGCAATCATC CATCCTGACC AAGTAGGTTT TATTCCAGGG ATGCAGGGAT Tfnode1 .......... .......... .......... .......... .......... Ac5403lr ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Ac5938a .......... .......... .......... .......... .......... Af081114 .......... .......... .......... .......... .......... Af081108 .......... .......... .......... .......... .......... Af081110 .......... .......... .......... .......... .......... Af081104 .......... .......... .......... .......... .......... Af081105 .......... .......... .......... .......... .......... Af081112 .......... .......... .......... .......... .......... Af081107 .......... .......... .......... .......... .......... Ac5938b .......... .......... .......... .......... .......... Tfnode2 .......... .......... .......... .......... .......... Af081113 .......... .......... .......... .......... .......... Af081106 .......... .......... .......... .......... .......... L1md4 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- L1orl .......... .......... .......... .......... .......... Af081111 .......... .......... .......... .......... .......... Af081109 .......... .......... .......... .......... .......... L1spa .......... .......... .......... .......... .......... [ 4600 ' ' ' ' ] L1mda2 GGTTTAATAT ACGAAAATCC ATCAATGTAA TCCATTATAT AAACAAACTC Tfnode1 .......... .......... .......... .......... .......... Ac5403lr ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Ac5938a .......... .......... .......... .......... .......... Af081114 .......... .......... .......... .......... .......... Af081108 .......... .......... .......... .......... .......... Af081110 .......... .......... .......c.. .......... .......... Af081104 .......... .......... .......... .......... .......... Af081105 .......... .......... .......... .......... .......... Af081112 .......... .......... .......... .......... .......... Af081107 .......... .......... .......... .......... .......... Ac5938b .......... .......... .......... .......... .......... Tfnode2 .......... .......... .......... .......... .......... Af081113 .......... .......... .......... .......... .......... Af081106 .......... .......... .......... .......... .......... L1md4 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- L1orl .......... .......... .......... .......... .......... Af081111 .......... .......... .......... .......... .......... Af081109 .......... .......... .......... .......... .......... L1spa .......... .......... .......... .......... .......... [ 4650 ' ' ' ' ] L1mda2 AAAGACAAAA ACCACATGAT CATCTCGTTA GATGCAGAAA AAGCATTTGA Tfnode1 .......... .......... .......... .......... .......... Ac5403lr ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Ac5938a .......... .......... .......... .......... .......... Af081114 .......... .......... .......... .......... .......... Af081108 .......... .......... .......... .......... .......... Af081110 .......... .......... .......... .......... .......... Af081104 .......... .......... .......... .......... .......... Af081105 .......... .......... .......... .......... .......... Af081112 .......... .......... .......... .......... .......... Af081107 .......... .......... .......... .......... .......... Ac5938b .......... .......... .......... .......... .......... Tfnode2 .......... .......... .......... .......... .......... Af081113 .......... .......... .......... .......... .......... Af081106 .......... .......... .......... .......... .......... L1md4 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- L1orl .......... .......... .......... .......... .......... Af081111 .......... .......... .......... .......... .......... Af081109 .......... .......... .......... .......... .......... L1spa .......... .......... .......... .......... .......... [ 4650 ' ' ' ' ] L1mda2 CAAGATCCAA CACCCATTCA TGATAAAAGT TTTGGAAAGA TCAGGAATTC Tfnode1 .......... .......... .......... .c........ .......... Ac5403lr ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Ac5938a .......... .......... .......... .c........ .......... Af081114 .......... .......... .......... .c........ .......... Af081108 .......... .......... .......... .c........ .......... Af081110 .......... .......... .......... .c........ .......... Af081104 .......... .......... .......... .c........ .......... Af081105 .......... .......... .......... .c........ .......... Af081112 .......... .......... .......... .c........ .......... Af081107 .......... .......... .......... .c........ .......... Ac5938b .......... .......... .......... .c........ .......... Tfnode2 .......... .......... .......... .c........ .......... Af081113 .......... .......... .......... .c........ .......... Af081106 .......... .......... .......... .c........ .......... L1md4 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- L1orl .......... .......... .......... .c........ .......... Af081111 .......... .......... .......... .c........ .......... Af081109 .......... .......... .......... .c........ .......... L1spa .......... .......... .......... .c........ .......... [ 4700 ' ' ' ' ] L1mda2 AAGGCCCATA CCTAAACATG ATAAAAGCAA TCTACAGCAA ACCAGTAGCC Tfnode1 ......a... .......... .......... .......... .......... Ac5403lr ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Ac5938a ......a... .......... .......... .......... .......... Af081114 ......a... .......... .......... .......... .......... Af081108 ......t... .......... .......... .......... .......... Af081110 ......a... .......... .......... .......... .......... Af081104 ......a... .......... .......... .......... .......... Af081105 ......a... .......... .......... .......... .......... Af081112 ......a... .......... .......... .......... .......... Af081107 ......a... .......... .......... .......... .......... Ac5938b ......a... .......... .......... .......... .......... Tfnode2 ......a... .......... .......... .......... .......... Af081113 ......a... .......... .......... .......... .......... Af081106 ......a... .......... .......... .......... .......... L1md4 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- L1orl ......a... .......... .......... .......... .......... Af081111 ......a... .......... .......... .......... .......... Af081109 ......a... .......... .......... .......... .......... L1spa ......a... .......... .......... .......... .......... [ 4800 ' ' ' ' ] L1mda2 AACATCAAAG TAAATGGAGA GAAGCTGGAA GCAATCCCAC TAAAATCAGG Tfnode1 .......... .......... .......... .......... .......... Ac5403lr ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Ac5938a .......... .......... .......... .......... .......... Af081114 .......... .......... .......... a......... .......... Af081108 .......... .......... .......... .......... .....g.... Af081110 .......... .......... .......... .......... .......... Af081104 .......... .......... .......... .......... .......... Af081105 .......... .......... .......... .......... .......... Af081112 .......... .......... .......... .......... .......... Af081107 .......... .......... .......... .......... .......... Ac5938b .......... .......... .......... .......... .......... Tfnode2 .......... .......... .......... .......... .......... Af081113 .......... .......... .......... .......... .......... Af081106 .......... .......... .......... .......... .......... L1md4 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- L1orl .......... .......... .......... .......... .......... Af081111 .......... .......... .......... .......... .......... Af081109 .......... .......... .......... .......... .......... L1spa .......... .......... .......... .......... .......... [ 4850 ' ' ' ' ] L1mda2 GACTAGACAA GGCTGCCCAC TTTCTCCCTA CCTTTTCAAC ATAGTACTTG Tfnode1 .......... .......... .......... .......... .......... Ac5403lr ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Ac5938a .......... .......... .......... .......... .......... Af081114 .......... .......... .......... .......... .......... Af081108 .......... .......... .......... .......... .......... Af081110 .......... .......... .......... .......... .......... Af081104 .......... .......... .......... .......... .......... Af081105 .......... .......... .......... .......... .......... Af081112 .......... .......... .......... .......... .......... Af081107 .......... .......... .......... .......... .......... Ac5938b .......... .......... .......... .......... .......... Tfnode2 .......... .......... .......... .......... .......... Af081113 .......... .......... .........c .......... .......... Af081106 .......... .......... .......... .......... .......... L1md4 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- L1orl .......... .......... .......... .......... .......... Af081111 .......... .......... .......... .......... .......... Af081109 .......... .......... .......... .......... .......... L1spa .......... .......... .......... .......... .......... [ 4900 ' ' ' ' ] L1mda2 AAGTATTAGC CAGAGCAATT CGACAACAAA AGGAGATCAA GGGGATACAA Tfnode1 .......... .......... .......... .......... .......... Ac5403lr ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Ac5938a .......... .......... .......... .......... .......... Af081114 .......... .......... .a........ .......... .......... Af081108 .......... .......... .......... .......... .......... Af081110 .......... .......... .......... .......... .......... Af081104 .......... .......... .......... .......... .......... Af081105 .......... .......... .......... .......... .......... Af081112 .......... .......... .......... .......... .......... Af081107 .......... .......... .......... .......... .......... Ac5938b .......... .......... .......... .......... .......... Tfnode2 .......... .......... .......... .......... .......... Af081113 .......... .......... .......... .......... .......... Af081106 .......... .......... .......... .......... .......... L1md4 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- L1orl .......... .......... .......... .......... .......... Af081111 .......... .......... .......... .......... .......... Af081109 .......... .......... .......... .......... .......... L1spa .......... .......... .......... .......... .......... [ 4950 ' ' ' ' ] L1mda2 ATTGGAAAAG AGGAAGTCAA AATATCACTT CTTGCAGATG ATATGATAGT Tfnode1 .......... .......... .......... t......... .......... Ac5403lr ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Ac5938a .......... .......... .......... t......... .......... Af081114 .......... .......... .......... t......... .......... Af081108 .......... .......... .......... t......... .......... Af081110 .......... .......... .......... t......... .......... Af081104 .......... .......... .......... t......... .......... Af081105 .......... .......... .......... t......... .......... Af081112 .......... .......... .......... t......... .......... Af081107 .......... .......... .......... t......... .......... Ac5938b .......... .......... .......... t......... .......... Tfnode2 .......... .......... .......... t......... .......... Af081113 .......... .......... .......... t......... .......... Af081106 .......... .......... .......... t......... .......... L1md4 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- L1orl .......... .......... .......... t......... .......... Af081111 .......... .......... .......... t......... .......... Af081109 .......... .......... .......... t......... .......... L1spa .......... .......... .......... t......... .......... [ 5000 ' ' ' ' ] L1mda2 ATATATAAGT GACCCTAAAA ATTCTACCAG AGAACTCCTA AACCTGATAA Tfnode1 .......... .......... ....c.a... .......... .......... Ac5403lr ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Ac5938a .......... .......... ....c.a... .......... .......... Af081114 .......... .......... ....c.a... .......... .......... Af081108 .......... .......... .......... g......... .......... Af081110 .......... .......... ....c.a... .......... .......... Af081104 .......... .......... ....c.a... .......... .......... Af081105 .......... .......... ....c.a... .......... .......... Af081112 .......... .......... ....c.a... .......... .......... Af081107 .......... .......... ....c.a... .......... .......... Ac5938b .......... .......... ....c.a... .......... .......... Tfnode2 .......... .......... ....c.a... .......... .......... Af081113 .......... .......... ....c.a... .......... .......... Af081106 .......... .......... ....c.a... .......... .......... L1md4 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- L1orl .......... .......... ....c.a... .......... .......... Af081111 .......... .......... ....c.a... .......... .......... Af081109 .......... .......... ....c.a... .......... .......... L1spa .......... .......... ....c.a... .......... .......... [ 5050 ' ' ' ' ] L1mda2 ACAGCTTCGG TGAAGTAGTT GGATATAAAA TAAACTCAAA CAAGTCAATG Tfnode1 .......... ........c. .......... .t........ .......... Ac5403lr ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Ac5938a .......... ........c. .......... .t........ .......... Af081114 .......... ........c. .......... .t........ .......... Af081108 .......... ........c. .......... .......... .......... Af081110 .......... ........c. .......... .t........ .......... Af081104 .......... ........c. .......... .t........ .......... Af081105 .......... ........c. .......... .t........ .......... Af081112 .......... ........c. .......... .t........ .......... Af081107 .......... ........c. .......... .t........ .......... Ac5938b .......... ........c. .......... .t........ .......... Tfnode2 .......... ........c. .......... .t........ .......... Af081113 .......... ........c. .......... .t........ .......... Af081106 .......... ........c. .......... .t........ .......... L1md4 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- L1orl .......... ........c. .......... .t........ .......... Af081111 .......... ........c. .......... .t........ .......... Af081109 .......... ........c. .......... .t........ .......... L1spa .......... ........c. .......... .t........ .......... [ 5100 ' ' ' ' ] L1mda2 GCCTTTCTCT ATACAAAGAA TAAACAGGCT GAGAAAGAAA TTAGGGAAAC Tfnode1 .......... .c........ .......... .......... .......... Ac5403lr ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Ac5938a .......... .c........ .......... .......... .......... Af081114 .......... .c........ .......... .......... .......... Af081108 .......... .......... .......... .......... .....a.... Af081110 .......... .c........ .......... .......... .......... Af081104 .......... .c........ .......... .......... .......... Af081105 .......... .c........ .......... .......... .......... Af081112 .......... .c........ .......... .......... .......... Af081107 .......... .c........ .......... .......... .......... Ac5938b .......... .c........ .......... .......... .......... Tfnode2 .......... .c........ .......... .......... .......... Af081113 .......... .c........ .......... .......... .......... Af081106 .......... .c........ .......... .......... .......... L1md4 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- L1orl .......... .c........ .........c .......... .......... Af081111 .......... .c........ .......... .......... .......... Af081109 .......... .c........ .......... .......... .......... L1spa .......... .c........ .......... .......... .......... [ 5150 ' ' ' ' ] L1mda2 AACACCCTTC TCAATAGTCA CAAATAATAT AAAATATCTT GGCGTGACTC Tfnode1 .......... .......c.. .......... .........c .......... Ac5403lr ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Ac5938a .......... .......c.. .......... .........c ...a...... Af081114 .......... .......c.. .......... .........c .......... Af081108 .......... .......... .......... .......... .......... Af081110 .......... .......c.. .......... .........c .......... Af081104 .......... .......c.. .......... .........c .......... Af081105 .......... .......c.. .......... .........c .......... Af081112 .......... .......c.. .......... .........c .......... Af081107 .......... .......c.. .......... .........c .......... Ac5938b .......... .......c.. .......... .........c ...a...... Tfnode2 .......... .......c.. .......... .........c .......... Af081113 .......... .......c.. .......... .........c .......... Af081106 .......... .......c.. .......... .........c .......... L1md4 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- L1orl .......... .......c.. .......... .........c .......... Af081111 .......... .......c.. .......... .........c .......... Af081109 .......... .......c.. .......... .........c .......... L1spa .......... .......c.. .......... .........c .......... [ 5200 ' ' ' ' ] L1mda2 TAACTAAGGA GGTGAAAGAT CTGTATGATA AAAACTTCAA ATCTCTGAAG Tfnode1 ....g..... a......... .......... .......... g..c...... Ac5403lr ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Ac5938a ....g..... a......... .......... .......... g..c...... Af081114 ....g..... a......... .......... .......... .......... Af081108 ......tt.. .......... .......... ...t...... .......... Af081110 ....g..... a......... .......... .......... g..c...... Af081104 ....g..... a......... .......... .......... g..c...... Af081105 ....g..... a......... .......... .......... g..c...... Af081112 .......... a......... .......... .......... g..c...... Af081107 ....g..... a......... .......... .......... g..c...... Ac5938b ....g..... a......... .......... .......... g..c...... Tfnode2 ....g..... a......... .......... .......... g..c...... Af081113 ....g..... a......... .......... .......... g..c...... Af081106 ....g..... a......... .......... .......... g..c...... L1md4 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- L1orl ....g..... a......... .......... .......... g..c...... Af081111 ....g..... a......... .......... .......... g..c...... Af081109 ....g..... a......... .......... .......... g..c...... L1spa ....g..... a......... .......... .......... g..c...... [ 5250 ' ' ' ' ] L1mda2 AAAGAAATTA AAGAAGATCT CAGAAGATGG AAAGATCTCC CATGCTCATG Tfnode1 .......... .......... .......... .......... .......... Ac5403lr ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Ac5938a .......... .......... .......... .......... .......... Af081114 .......... .......... .......... .......... .......... Af081108 .......... .......... .......... .......... .......... Af081110 .......... .......... .......... .......... .......... Af081104 .......... .......... .......... .......... .......... Af081105 .......... .......... .......... .......... .......... Af081112 .......... .......... .......... .......... .......... Af081107 .......... .......... .......... .......... .......... Ac5938b .......... .......... .......... .......... .......... Tfnode2 .......... .......... .......... .......... .......... Af081113 .......... .......... .......... .......... .......... Af081106 .......... .......... .......... .......... .......... L1md4 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- L1orl .......... .......... .......... .......... .......... Af081111 .......... .......... .......... .......... .......... Af081109 .......... .......... .......... .......... .......... L1spa .......... .......... .......... .......... .......... [ 5300 ' ' ' ' ] L1mda2 GATTGGCAGG ATCAACATTG TAAAAATGGC TATCTTGCCA AAAGCAATCT Tfnode1 .......... .c........ .......... .......... .......... Ac5403lr ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Ac5938a .......... .c........ .......... .......... .......... Af081114 .......... .c........ .......... .......... .......... Af081108 .......... .......... .......... .......... .......... Af081110 .......... .c........ .......... .......... .......... 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Af081111 .......... .......... ..t....... .......... .......... Af081109 .......... .......... ..t....... .......... .......... L1spa .......... .......... ..t....... .......... .......... [ 5400 ' ' ' ' ] L1mda2 TTGGAAGGAG CAATTTGCAA ATTTGTCTGG AATAACAAAA AACCTAGGAT Tfnode1 ..a....... .......... ...ca..... .......... ....g..... Ac5403lr ..a....... .......... ...ca..... .......... ....g..... Ac5938a ..a....... .......... ...ca..... .......... ....g..... Af081114 ..a....... .......... ...ca..... .......... ....g..... Af081108 ..a....... .......... ...ca..... .......... ....g..... Af081110 ..a....... .......... ...ca..... .......... ....g..... Af081104 ..a....... .......... ...ca..... .......... ....g..... Af081105 ..a....... .......... ...ca..... .......... ....g..... Af081112 ..a....... .......... ...ca..... .......... ....g..... Af081107 ..a....... .......... ...ca..... .......... .......... Ac5938b ..a....... .......... ...ca..... .......... ....g..... Tfnode2 ..a....... .......... ...ca..... .......... ....g..... Af081113 ..a....... .......... ...ca..... .......... ....g..... Af081106 ..a....... .......... ...ca..... .......... ....g..... L1md4 ..a....... .......... ...ca..... .......... ....g..... L1orl ..a....... .......... ...ca..... .......... ....g..... Af081111 ..a....... .......... ...ca..... .......... ....g..... Af081109 ..a....... .......... ...ca..... .......... ....g..... L1spa ..a....... .......... ...ca..... .......... ....g..... [ 5450 ' ' ' ' ] L1mda2 AGCAAAAAGT CTTCTCAAGG ATAAAAGAAC TTCTGGCGGA ATCACCATGC Tfnode1 ........c. .......... .......... c.....t... .......... Ac5403lr ........c. .......... .......... c.....t... .......... Ac5938a ........c. .......... .......... c.....t... .......... Af081114 ........c. .......... .......... c.....t... .......... Af081108 ........c. .......... .......... c.....t..t .......... Af081110 .......... .......... .......... c.....t... .......... Af081104 ........c. .......... .......... c.....t... .......... Af081105 ........c. .......... .......... c.....t... .......... Af081112 ........c. .......... .......... c.....t... .......... Af081107 ........c. .......... .......... c.....t... .......... Ac5938b ........c. .......... .......... c.....t... .......... Tfnode2 ........c. .......... .......... c.....t... .......... Af081113 ........c. .......... .......... c.....t... .......... Af081106 ........c. .......... .......... c.....t... .......... L1md4 ........c. .......... .......... c.....t... .......... L1orl ........c. .......... .......... c.....t... .......... Af081111 ........c. .......... .......... c.....t... .......... Af081109 ........c. .......... .......... c.....t... .......... L1spa ........c. .......... .......... c.....t... .......... [ 5500 ' ' ' ' ] L1mda2 CAGACCTAAA GCTTTACTAC AGAGCAATTG TGATAAAAAC TGCATGGTAC Tfnode1 .t........ .......... .......... .......... .......... 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Tfnode2 .......... .......... .......... .......... .......... Af081113 .......... .......... .......... .......... .......... Af081106 .......... .......... .......... .......... .......... L1md4 .......... .......... .......... .......... .......... L1orl .......... .......... .......... .......... .......... Af081111 .......... .......... .......... .......... .......... Af081109 .......... .......... .......... .......... .......... L1spa .......... .......... .......... .......... .......... [ 6050 ' ' ' ' ] L1mda2 ACTCAAGAAG GTGGACTTCA GAAAATCAAA TAACCCCATT AAAAAATGGG Tfnode1 .......... ......c... .......... .......c.. .......... Ac5403lr .......... ......c... .......... .......c.. .......... Ac5938a .......... ......c... .......... .......c.. .......... Af081114 .......... ......c... .......... .......c.. .......... Af081108