#NEXUS [Ls16.nex, 10/14/99 LINE-1 sequences discussed in Hardies et al., LINE-1 lineages in the mouse, 1999. Numbering according to L1MdA2 (M13002) in Loeb et al., Mol Cell Biol 6:168-182 (1986). Starts at 5887 within ORF2 where Ms475 consensus is defined. Sequence includes portion of ORF2 through 6700; and entire 3' UTR. Clade-specific oligonucleotide probes are commented within alignment. Coordinates in A2 listed as covered below include entire body, although only 5887..7362 is contained in this alignment.] [Sequences: Name Acc.# GB Coordinates L1MdA2 coordinates --------------------------------------------------------- domesticus A2 family: L1MdA2 M13002 1539..7362 1539..7362 Mmu15647 U15647 101..5924 1539..7362 Mmconreg1 Z13985 2060..3603 5813..7362 Muspr M23263 3764..1776 5373..7362 L1Md17 X14061 47177..48214 5387..7362 + 47176..46215 spretus A2 family: SHA AF133713 1..1043 6110..7152 SFA AF133711 1..1027 6110..7152 root Af37352a AF037352 51883..46022 1539..7362 L1Md6 X14061 49475..50182 6630..7362] [Z family Mmconreg2 Z13985 8100..9592 5878..7362 L1MdZ X60028 3623..2371 6110..7362 L1Bg U78038 97..1218 6291..7362 L1med is not in GenBank 7299..7362 L1Md4 lineage above domesticus/spretus split SAF AF133172 1..1000 6112..7111 spretus TF lineage upper lineage S4 AF182468 1..500 6391..6891 Sc2 AF186778 1..490 6873..7362 Ms7024 consensus, see Casavant & Hardies, JMB 241:390-397(1994) Ms475 family SK2 AF132348 1..533 6621..7152 SK6 AF132357 1..533 6621..7152 SK23 AF132350 1..533 6621..7152 L1EL2 AF132341 1256..272 5887..6870 +1257..1733 6892..7362 Ms475- consensus of above] [spicilegus TF PA AF151526 1..1000 6112..7111 PD AF151525 1..1000 6112..7111 PK AF184897 1..1000 6112..7111 PL AF184896 1..1000 6112..7111 domesticus TF TF1 - consensus of: L1Md-Tf14 AF081108 537..6402 1539..7362 L1Md-Tf23 AF081110 1375..7240 1539..7362 L1Md-Tf30 AF081114 798..6600 1539..7362 L1Md-Tf5 AF081104 539..6403 1539..7362 L1Md-Tf6 AF081105 518..6230 1539..7362 AC5938a AC005938 58822..64686 1539..7362] [ TF2 - consensus of: L1Md-Tf26 AF081112 756..6620 1539..7362 L1Md-Tf9 AF081107 767..6631 1539..7362 L1Md-Tf8 AF081106 942..6806 1539..7362 L1Md-Tf29 AF081113 332..6196 1539..7362 AC5938b AC005938 79039..84902 1539..7362 L1Md-Tf18 AF081111 827..6692 1539..7362 L1Md-Tf17 AF081109 736..6572 1539..7362 L1spa AF016099 1356..8878 1539..7362 L1Orl D84291 1181..7045 1539..7362 ] Begin data; Dimensions ntax=29 nchar=1494; Format datatype=DNA interleave gap=- matchchar=.; Matrix [ ' 5900 ' ' ' ] L1MdA2 AAGATCGAGA ATCGACAAAT GGGACCTAAT GAAACTGCAA AGTTTCTGCA Mmu15647 .......... .......... .......... ......c... .......... Mmconreg1 .......... ..t....... .......... ......c... .......... Muspr .......... ..t....... .......... ......c... .......... Sha ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Sfa ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- L1md17 .......... ..t....... .......... ......c... .......... Af37352a ......t... ..t......a a......t.. .......... ..c....... L1md6 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Mmconreg2 .......... ..t....... .......... ......c... .......... L1mdz ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- L1bg ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- L1med ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Saf ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- S4 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Sc2 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Ms7024 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Sk2 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Sk6 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Sk23 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- L1EL2 .......... ..t....... .......... a.....c... .......... Ms475 .......... ..t....... .......... a.....c... .......... PA ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- PD ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- PK ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- PL ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- TF1 .......... ..t....... .......... ......c... .......... TF2 .......... ..t....... .......... ......c... .......... L1md4 .......... ..t....... .......... ......c... .......... [ ' 5950 ' ' ' ] L1MdA2 AGGCAAAA-G ACACTGTCAA TAAGACAAAA AGACCACCAA CAGATTGGGA Mmu15647 ........-. ....a..... .......... .......... .......... Mmconreg1 ........a. ....c..... .......... ..-....... .......... Muspr ........-. ....ct...g .......... .......... .......... Sha ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Sfa ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- L1md17 ........-. ....ca.... .......... .......... .......... Af37352a ........-. ....ca.... .......... .......... aga....... L1md6 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Mmconreg2 ........-. ....c....g .......... .......... .......... L1mdz ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- L1bg ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- L1med ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Saf ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- S4 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Sc2 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Ms7024 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Sk2 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Sk6 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Sk23 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- L1EL2 ........-. .......... .......... .......... .g..a..... Ms475 ........-. .......... .......... .......... .g..a..... PA ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- PD ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- PK ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- PL ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- TF1 ........-. ........t. .......... .......... ....c..... TF2 ........-. ........t. .......... .......... ....c..... L1md4 ........-. ........t. .......... .......... ....c..... [ ' 6000 ' ' ' ] L1MdA2 AAGGATCTTT ACCTATCCTA AATCAGATAG GGG--ACTAA TATCCAACAT Mmu15647 .......... .......... .......... ...--..... .......... Mmconreg1 .......... .......... .......... ...--..... .......... Muspr .......... .......... .......... ...--..... .......... Sha ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Sfa ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- L1md17 ....g..... .......... .......... ...--..... .......... Af37352a .......... .......... .......... ...gg..... .......t.. L1md6 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Mmconreg2 .......... ......g... .......... ...--..... .......... L1mdz ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- L1bg ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- L1med ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Saf ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- S4 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Sc2 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Ms7024 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Sk2 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Sk6 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Sk23 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- L1EL2 .......... .......... .......... ...--..... .......... Ms475 .......... .......... .......... ...--..... .......... PA ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- PD ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- PK ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- PL ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- TF1 .......... .......... .......... ...--..... .......... TF2 .......... .......... .......... ...--..... .......... L1md4 .......... .......... .......... ...--..... .......... [ ' 6050 ' ' ' ] L1MdA2 ATATAAAGAA CTCAAGAAGG TGGAC-TTCA GAAAATCAAA TAACCCCATT Mmu15647 .......... .......... .....-.... .......... .......... Mmconreg1 .......... .......... .....c.... .......... .......... Muspr .......... .......... .....-.... .......... .......c.. Sha ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Sfa ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- L1md17 .......... .......... .....-.... .......... .......... Af37352a .......... t...t..... .....-.c.. .......... .......... L1md6 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Mmconreg2 .......... .......... .....-.... .....ct... .......... L1mdz ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- L1bg ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- L1med ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Saf ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- S4 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Sc2 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Ms7024 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Sk2 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Sk6 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Sk23 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- L1EL2 .......... .......... .....-c... .......... .......c.. Ms475 .......... .......... .....-c... .......... .......c.. PA ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- PD ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- PK ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- PL ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- TF1 .......... .......... .....-c... .......... .......c.. TF2 .......... .......... .....-c... .......... .......c.. L1md4 .......... .......... .....-c... .......... .......c.. [ ' 6100 ' ' ' ] L1MdA2 AAAAAATGGG GCTCAGAACT GAACAAAGAA TTCTCA-CCC GAGGAATACC Mmu15647 .......... .......... .......... ......-..t .......... Mmconreg1 ......-... .......-.. .......... ......g..t .......... Muspr .......... ....t..... .......... ......-..t .......... Sha ---------- ---------- -------... ......-..t .......... Sfa ---------- ---------- -------... ......-..t .......... L1md17 .......... .......... .......... ......-..t .........t Af37352a .......... t......... .......... ......-..t .......... L1md6 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Mmconreg2 .....-.... .......... .......... ......-..t .......... L1mdz ---------- ---------- -------... ......-..t .......... L1bg ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- L1med ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Saf ---------- ---------- ---------. ......-..t .......... S4 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Sc2 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Ms7024 ---------- ---------- -------... ......-..t .......... Sk2 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Sk6 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Sk23 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- L1EL2 .......... .......... .......... ......-..t .......... Ms475 .......... .......... .......... ......-..t .......... PA ---------- ---------- ---------. ......-..t .......... PD ---------- ---------- ---------. ......-..t .......... PK ---------- ---------- ---------. ......-..t .......... PL ---------- ---------- ---------. ......-..t .......... TF1 .......... .......... .......... ......-..t .......... TF2 .......... .......... .......... ......-..t .......... L1md4 .......... .......... .......... ......-..t .......... [ ' 6150 ' ' ' ] L1MdA2 GAATGGCAGA GAAGCACTTG AAAAAATGTT CAACATCCTT AATCATCAGG Mmu15647 .......... .......... .......... .......... .......... Mmconreg1 .......... .......c.. .......... .......... .......... Muspr .......... ...a...c.. .......... .......... .......... Sha .......... .......c.. .......... .......... .......... Sfa .......... .......c.. .......... .......... .......... L1md17 .......... ......tc.. .......... t......... .......... Af37352a a......... .......c.. .......... .......... .......... L1md6 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Mmconreg2 .......... .......c.. .......... .......... .......... L1mdz .......... .......c.. .......... .......... .......... L1bg ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- L1med ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Saf .......... .......c.. .......... .......... .......... S4 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Sc2 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Ms7024 .......... .......c.. .......... .......t.. .......... Sk2 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Sk6 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Sk23 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- L1EL2 .......... .......c.. .......... .......t.. .......... Ms475 .......... .......c.. .......... .......t.. .......... PA .......... .......c.. .......... .......... .......... PD .......... .......c.. .......... .......... .......... PK .......... .......c.. .......... .......... .......... PL .......... .......c.. .......... .......... .......... TF1 .......... .......c.. .......... .......... .......... TF2 .......... .......c.. .......... .......... .......... L1md4 .......... .......c.. .......... .......... .......... [ ' 6200 ' ' ' ] L1MdA2 GAAATGCAAA TCAAAACAAC CCTGAGATTC CACCTCACAC CAGTCAGAAT Mmu15647 .......... .......... .......... .......... .......... Mmconreg1 .......... .......... .......... .....t.... .......... Muspr .....c.... .......... ....t..... .......... .......g.. Sha .......... .......... .....a.... .......... .......... Sfa .......... .......... .......... .......... .......... L1md17 .......... .......... .......... .......... .......... Af37352a .......... .......... .......... ..t....... .......... L1md6 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Mmconreg2 .......... .......... .......... .......... .......... L1mdz .......... .......... .......... .......... .......... L1bg ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- L1med ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Saf .......... .......... .......... .......... ....g.a... S4 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Sc2 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Ms7024 .......... .......... .......... ........t. ....g..... Sk2 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Sk6 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Sk23 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- L1EL2 .......... .......... .......... .......... ....g..... Ms475 .......... .......... .......... .......... ....g..... PA .......... .......... .......... .......... ....g..... PD .......... .......... .......... .......... ....g..... PK .......... .......... .......... .......... ....g..... PL .......... .......... .......... .......... ....g..... TF1 .......... .......... .......... .......... ....g..... TF2 .......... .......... .......... .......... ....g..... L1md4 .......... .......... .......... .......... .......... [ ' 6250 ' ' '] L1MdA2 GGCTAAGATC AAAAATTCAG GTGACAGC-A GATGCTGGCG AGGATGTGGA Mmu15647 .......... .......... ........-. .......... .......... Mmconreg1 .......... .......... ........t. .......... t......... Muspr .......... .......... ........-. a...t..... t........t Sha .......... .......... ........-. .......... t......... Sfa ......a... ........g. ........-. .......... t......... L1md17 .......t.. .......... ........-. .......... t......... Af37352a .......... .......... ........-. .......... .......... L1md6 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Mmconreg2 .......... .......... ........-. .......... t......... L1mdz .t........ .......... ........-. .......... .......... L1bg ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- L1med ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Saf .......... .......... ........-. .......... t......... S4 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Sc2 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Ms7024 .......... .......... ........-. .......... t......... Sk2 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Sk6 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Sk23 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- L1EL2 .......... .......... ........-. .......... t......... Ms475 .......... .......... ........-. .......... t......... PA .......... .......... ........-. .......... .......... PD .......... .......... ........-. .......... .......... PK .......... .......... ........-. .......... .......... PL .......... .......... ........-. .......... .......... TF1 .......... .......... ........-. .......... .......... TF2 .......... .......... ........-. .......... .......... L1md4 .......... .......... ........-. .......... .......... [ ' 6300 ' ' '] L1MdA2 GAAAGAGGAA CACTCCTCCA TTGTTGGTGG GAGTGCAGGC TTGTACAACC Mmu15647 .......... .......... .......... .......... .......... Mmconreg1 ...g...... .......... .......... .......... .......... Muspr .......... .......... .......... ..t...t... .......... Sha .......... .......... ........at ..t....... .......... Sfa .......... g......... .......... ..t....... .......... L1md17 .......... .......... .......... ..t....... .......... Af37352a .......... .......g.. .......... ..t....a.. .......... L1md6 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Mmconreg2 .......... .......... .......... ..t....... .......... L1mdz .......... .......... .......... ..t....... .......... L1bg ---------- .......... .......... ..t....... .......... L1med ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Saf .......... .......... .......... ..t....... .......... S4 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Sc2 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Ms7024 .........g .......... .......... ..t....... .......... Sk2 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Sk6 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Sk23 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- L1EL2 .......... .......... .......... ..t....... .......... Ms475 .......... .......... .......... ..t....... .......... PA .......... .......... .......... ..t....... .......... PD .......... .......... .......... ..t....... .......... PK .......... .......... .......... ..t....... .......... PL .......... .......... .......... ..t....... .......... TF1 .......... .......... .......... ..t....... .......... TF2 .......... .......... .......... ..t....... .......... L1md4 .......... .......... .......... ..t....... .......... [ ' 6350 ' ' '] L1MdA2 ACTCTGGAAA TCAGTCTGGC GGTTCCTCAG AAAACTGGAC ATAGTACTAC Mmu15647 .......... .......... .......... .......... .......... Mmconreg1 .......... .......... .......... .......... .......... Muspr .......... ..c....... .......... ....t..... .....c..g. Sha .......... .......... .........t t...t..... .......... Sfa .......... .......... .......... ....t..... .......... L1md17 .......... .......... .......... ....t..... .......... Af37352a .......... c......... .......t.. ....t..... .......... L1md6 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Mmconreg2 .......... .......... .......... ....-..... .......... L1mdz .......... .......... .......... ....t..... .......... L1bg .......... ..c....... .......... ....t..... .......... L1med ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Saf .......... .........t .......... ....t..... .......... S4 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Sc2 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Ms7024 .......... .......... .......... ....t..... .......... Sk2 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Sk6 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Sk23 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- L1EL2 .......... .......... .......... ....t..... .......... Ms475 .......... .......... .......... ....t..... .......... PA .......... .......... ........t. ....t..... .......... PD .......... .......... .......... ....t..... .......... PK .......... .......... .......... ....t..... .......... PL .......... .......... .......... ....t..... .......... TF1 .......... .......... .......... ....t..... .......... TF2 .......... .......... .......... ....t..... .......... L1md4 .......... .......... .......... ....t..... .......... [ tacct ctActgggca o6403A ] [ tgggca tTtatccag o6412A ] [ o6424A caga agaAgccccaa] [ ' 6400 ' ' '] L1MdA2 CGGAGGATCC AGCAATACCT CTCCTGGGCA TATATCCAGA AGATGCCCCA Mmu15647 .......... .......... .......... .......... .......... Mmconreg1 .......... .......... .......... .......... .......... Muspr .......... ...c...... .......... .......... .......... Sha .......... .......... ..a....... .t........ .......... Sfa .......... ....------ ---------- .t........ .......... L1md17 ....-..... .......... .......... .........- -......... Af37352a .......... .......... .......... .....t.... .....t.... L1md6 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Mmconreg2 .......... c......... .......... .......... .......... L1mdz .......... .......... .......... .......... .......... L1bg .......... .......... ...t...... .......... .......... L1med ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Saf .......... .......... .......... .......... ...a...... S4 -----..... .......... .......... .......... ...a...... Sc2 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Ms7024 .......... .......... .......... .......... ...a...... Sk2 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Sk6 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Sk23 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- L1EL2 .......... .......... .......... .......... ...a...... Ms475 .......... .......... .......... .......... ...a...... PA .......... .......... .......... .......... ...a...... PD .......... .......... .......... .......... ...a...... PK .......... .......... .......... .......... ...a...... PL .......... .......... .......... .......... ...a...... TF1 .......... .......... .......... .......... ...a...... TF2 .......... .......... .......... .......... ...a...... L1md4 .......... .......... .......... .......... ...a...... [ cccaacAggtaaga: o6433A aka oMD49 ] [ ' 6450 ' ' '] L1MdA2 ACAGGTAAGA AGGACACATG CTCCACTATG TTCATAGCAG CCTTATTTAT Mmu15647 .......... .......... .......... .......... .......... Mmconreg1 ..t....... .......... .......... .......... .......... Muspr ..t.a..... .........a .......... .......... .......... Sha ..t....... .......... .......... .......... .......... Sfa ..t....... .......... .......... .......... .......... L1md17 ..t....... .......... .......... .......... .......... Af37352a ..ct...... .......... .......... .......... .......... L1md6 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Mmconreg2 ..t....t.. .......... .......... .......... .......... L1mdz ..t....... .......... .......... .......... t......... L1bg ..t....... .......... .......... .......... .a........ L1med ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Saf ..t....... .......... .......... .......... .......... S4 ..t....... .......... .......... .......... .......... Sc2 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Ms7024 ..t....... .......... .......... .......... .......... Sk2 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Sk6 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Sk23 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- L1EL2 ..t....... .......... .......... .......... .......... Ms475 ..t....... .......... .......... .......... .......... PA ..t....... .......... .......... .......... .......... PD ..t....... .......... .......... .......... .......... PK ..t....... .......... .......... .......... .......... PL .tt....... .......... .......... .......... .......... TF1 ..t....... .......... .......... .......... .......... TF2 ..t....... .......... .......... .......... .......... L1md4 ..t....... .......... .......... .......... .......... [ o6505T aka oMD124: ggcatcAggttctt (compl.) ] [ ' 6500 ' ' '] L1MdA2 AATAGCCAGA AGCTGGAAAG AACCTAGATG CCCCTCAACA GAGGAATGGA Mmu15647 .......... .......... .......... .......... .......... Mmconreg1 .......... .......... .......... .......... .......... Muspr .......... .......... ....c..... .......... .......... Sha .......... .......... ....c..... t......... .......... Sfa .......... .......... ....c..... .......... .......... L1md17 .......... .......... ....c..... .......... .......... Af37352a .......... .......... ....c..... .......... .......... L1md6 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Mmconreg2 .......... .......... ....c..... .......... .......... L1mdz .......... .......... ....c..... .......... .......... L1bg .......... .......... ....c..... .......... .......... L1med ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Saf .......... .a........ ....c..... .......... .......... S4 .......... .......... c...c..... .......... .......... Sc2 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Ms7024 .......... .a........ ....c..... .......... .......... Sk2 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Sk6 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Sk23 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- L1EL2 .......... .a........ ....c..... .......... .......... Ms475 .......... .a........ ....c..... .......... .......... PA .......... .a........ ....c..... .......... .......... PD .......... .a........ ....c..... .......... .......... PK .......... .a........ ....c..... .......... .......... PL .......... .a........ ..t.c..... .......... .......... TF1 .......... .a........ ....c..... .......... .......... TF2 .......... .a........ ....c..... .......... .......... L1md4 .......... .a........ ....c..... .......... .......... [ ' 6550 ' ' '] L1MdA2 TACAGAAAAT GTGGTACATC TACACAATGG AGTACTACTC AGCTATTAAA Mmu15647 .......... .......... .......... .......... .......... Mmconreg1 .......... .......... .......... .......... .......... Muspr ...g...... .......... .......... .......... .......... Sha .......... .......... .......... .......... .......... Sfa .......... .......... .......... .......... .......... L1md17 .......... .......... .......... .......... .......... Af37352a .......... .........t .g........ ........a. .a........ L1md6 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Mmconreg2 .......... .......... .......... .......... .......... L1mdz .......... .......... .......... .....g.... .......... L1bg .......... .......... .......... .......... .......... L1med ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Saf .......... .......... .......... .......... .......... S4 .......... .......... ...g...... .......... .......... Sc2 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Ms7024 .......... .......... .......... .......... .......... Sk2 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Sk6 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Sk23 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- L1EL2 .......... .......... .......... .......... .......... Ms475 .......... .......... .......... .......... .......... PA .......... .......... .......... .......... .......... PD .......... .......... .......... .......... .......... PK .......... .......... .......... .......... .......... PL .......... .......... .......... .......... .......... TF1 .......... .......... .......... .......... .......... TF2 .......... .......... .......... .......... .......... L1md4 .......... .......... .......... .......... .......... [ o6626A cc tggagAgcatcat] [ ' 6600 ' ' '] L1MdA2 AAGAATGAAT TTATGAAATT CCTAGCCAAA TGGATGGACC TGGAGGGCAT Mmu15647 .......... .......... .......... .......... .......... Mmconreg1 .......... .......... .......... .......... ..-....... Muspr .........c cc..ac.... .......... .......... .......... Sha .......... .......... .......... .......... .....a.... Sfa .......... .......... .......... .......... .....a.... L1md17 .......... .......... .....g.... .......... .......... Af37352a .......... .......... .......... ......a... .......... L1md6 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------. Mmconreg2 .......... .......... .......... .......... .......... L1mdz .......... .......... .......... .......... .......... L1bg .......... .......... .......... .......... .......... L1med ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Saf .......... ........c. .......... .......... .......... S4 .......... .......... .......... .......... .....a.... Sc2 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Ms7024 .......... .......... .......... .......... .....a.... Sk2 ---------- ---------- ---------- ---------- .....a.... Sk6 ---------- ---------- ---------- ---------- .....a.... Sk23 ---------- ---------- ---------- ---------- .....a.... L1EL2 .......... .......... .......... .......... .....a.... Ms475 .......... .......... .......... .......... .....a.... PA .......... .......... .......... .......... .....a.... PD .......... .......... .......... .......... .....a.... PK .......... .......... .......... .......... .....a.... PL .......... .......... .......... .......... .....a.... TF1 .......... .......... .......... .......... .....a.... TF2 .......... .......... .......... .......... .....a.... L1md4 .......... .......... .......... .......... .....a.... [ o6661A aka oMD280: caaag Aaactcacac ] [ ' 6650 ' ' '] L1MdA2 CATCCTGAGT GAGGTAACAC ATTCACAAAG AAACTCACAC AATATGTATT Mmu15647 .......... .......... .......... .......... .......... Mmconreg1 ...t...... .......... .......... .......... ........c. Muspr .........a .......... .......... .......... ........c. Sha .......... .......... .......... g......... ........c. Sfa .......... .......... .......... g......... .....a..c. L1md17 .......... .......... .......... g......... ........c. Af37352a .......... .......... .a........ g......... ........c. L1md6 .......... .......... .......... g......... ........c. Mmconreg2 .......... .....t.... .......... g......... ........c. L1mdz .......... .......... .....t.... g......... ........c. L1bg .......... .......... .......... g......... ........c. L1med ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Saf .......... .......... .......... g......... ........c. S4 .......... .......... .......... g......... ........c. Sc2 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Ms7024 .......... .......... .......... g......... ........c. Sk2 .......... .......... .......... g......... ........c. Sk6 .......... .......... .......... g......... ........c. Sk23 .......... .......... .......... g......... ........c. L1EL2 .......... .......... .......... g......... ........c. Ms475 .......... .......... .......... g......... ........c. PA .......... .......... .......... g......... ........c. PD .......... ...a...... .......... g......... ........c. PK .......... .......... .......... g......... ........c. PL .......... .......... .......... g......... ........c. TF1 .......... .......... .a........ g......... ........c. TF2 .......... .......... .a........ g......... ........c. L1md4 .......... .......... .a........ g......... ........c. [ ORF-2 -------------><--- 3' UTR ] [ o6716T/6718T A2 (compl.) atcttgAgAa tccta ] [ o6704C ttag cccC-aaacc ta ] [ o6697C g tggataCtag ccca ] [ o6730G: aattgta] [ ' 6700 ' ' ] L1MdA2 CACTGATAAG TGGATATTAG CCCC-AAACC TAGGATACCC AAGATATAAG Mmu15647 .......... .......... ....-..... .......... .......... Mmconreg1 .......... .......... ....-..... ..a....... .......... Muspr .......... .......... ....-..... .......... .......... Sha .......... .......... ....-..... ......t.t. .......... Sfa .......... .......... ....-..... ......t.t. .......... L1md17 .......... .......... ....-..... .......... .......... Af37352a ..ag...... .ttg...... ...a-....t .......... .......... L1md6 .......... ........g. ...a-...t. .......... .......... Mmconreg2 .......... .......... ...aa..... .......... .......... L1mdz .......... .......... ..g.-..... .......... .......... L1bg .......... .......... ...a-..... .......... .......... L1med ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Saf .......... .......... ...a-..... .......... .c........ S4 .......... .......... ...a-..... .......... .c........ Sc2 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Ms7024 .......... .......... ...a-..... .......... .c........ Sk2 .......... .......... ...a-..... .......... .c........ Sk6 .......... .......... ...a-..... .......... .c........ Sk23 .......... .......... ...a-..... .......... .c........ L1EL2 .......... .......... ...a-..... .......... .c........ Ms475 .......... .......... ...a-..... .......... .c........ PA .......... ......c... ...a-..... ...t.c.... .c........ PD .......... ......c... ...a-..... .......... .c........ PK .......... ......c... ...a-..... .......... .c........ PL .......... ......c... ...a-..... .......... .c........ TF1 .......... ......c... ...a-..... .......... .c........ TF2 .......... ......c... ...a-..... .......... .c........ L1md4 .......... ......c... ...a-..... .......... .c........ [ Ccttatat (compl.) ] [ ' ' 6750 ' ' ] L1MdA2 ATATAATTTG CTAAACACAT GAAACTCAAG GAGAATGAAG ACTGAAGTGT Mmu15647 .......... .......... .......... ...tt..... .......... Mmconreg1 .....--... .-.t...... ...-...... a......... .......... Muspr ...c...... .......... .......... a......... .......... Sha g..c...... .......... .......... a......... .......... Sfa g..c...... .........c ....a..... a......... .......... L1md17 ...c...... .......... .......... a......... .......... Af37352a ...c...... .......-.. ......g... a....c.... ..ca...... L1md6 ...c...... .......... .......... a......... .......... Mmconreg2 ...c.....c .......... .......... a.a...t... .......... L1mdz ...c.....c .......... .......... a.a....... .......... L1bg ...c.....c .......... .......... a.a....... .......... L1med ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Saf ...c.....c .......... .......... a.a....... .......... S4 ...c.....c .......... .......... a.a....... .......... Sc2 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Ms7024 ...c.....c .......... .......... a.a....... .......... Sk2 ...c.....c .......... .....c.... a.a....... .......... Sk6 ...c.....c .......... .....c.... a.a....... .......... Sk23 ...c.....c .......... .....c.... a.a....... .......... L1EL2 ...c.....c .......... .....c.... a.a....... .......... Ms475 ...c.....c .......... .....c.... a.a....... .......... PA ...c.....c .......... .......... a.a....... .......... PD ...c.....c .......... .......... a.a....... .......... PK ...c.....c .......... .......... a.a....... .......... PL ...c.....c .......... .......... a.a....... .......... TF1 ...c.....c .......... .......... a.a....... .......... TF2 ...c.....c .......... .......... a.a....... .......... L1md4 ...c.....c .......... .......... a.a....... .......... [ o6820T (compl.): ccttccaAgggtgtt ] [ cactatgccccC-tccttag o6973 aka oMS416C ] [ ' ' 6800 ' ' ] L1MdA2 GGACACTATG CCCC-TCCTT AGATTTGGGA ACAAAACACC CATGGAAGGA Mmu15647 .......... ....-..... .......... .......... .......... Mmconreg1 .-........ ....-..... .......... .......... .......... Muspr .......... ....-..... .......... .......... .......... Sha .........c ....-..... ...a...... .......... .......... Sfa .........c ....-..... ...a...... .......... .......... L1md17 .......... .t..-..... ...a...... .......... .......... Af37352a .......g.. ....-.t... ...a....a. .......... .......... L1md6 .......... ..a.-..t.. ...a...... ........t. .......... Mmconreg2 .......... ....-..... ...ag..... .......... .t........ L1mdz .......... ....-..... ...ag..... .......... .t........ L1bg a......... ....-..... ...ag..... .......... .t........ L1med ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Saf .......... ....-..... ...ag..... .......... .......... S4 .......... ....-..... ...ag..... .......... .......... Sc2 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Ms7024 .......... ....c..... ...ag..... .......... ......g... Sk2 .......... ....c..... ...ag..... .a........ .......... Sk6 .......... ....c..... ...ag..... .a........ .......... Sk23 .......... ....c..... ...ag..... .a........ .......... L1EL2 .......... ....c..... ...ag..... .a........ .......... Ms475 .......... ....c..... ...ag..... .a........ .......... PA .......... ....-..... ...ag..... .......... .......... PD .......... ....-..... ...ag..... .......... .......... PK .......... ....-..... ...ag..... .......... .......... PL .......... ....-..... ...ag..... .......... .......... TF1 .......... ....-..... ...ag..... .......... .......... TF2 .......... ....-..... ...ag..... .......... .......... L1md4 .......... ....-..... ...ag..... .......... .......... [conv. TF1 vs. 2: <--- ] [ o6852C/6855C aka oMS475 gg agcCgaCatg aaa ] [ o6873A aka oMS496 gga ccatAtagag] [ ' ' 6850 ' ' ] L1MdA2 GTTACAGAGA CGGAGTTTGG AGCTGAGATG AAAGGATGGA CCATGTAGAG Mmu15647 .......... .......... .......... .......... .......... Mmconreg1 .........c aaag...... .......... .......... .......... Muspr .......... .aa.....c. .......... .g........ .g........ Sha .......... .aa....... .......... .......... ....c..... Sfa .......... .aa....... .......... .......... .......... L1md17 ......a... .aa....... .......... .......... .......... Af37352a a......... .aac...... .....t..g. .......... ....c..... L1md6 .......... .aa....... ........c. .......... ..-------- Mmconreg2 .-........ .aa....... .......... .......... .......... L1mdz .......... .aa....... .......... .......... .......... L1bg .......... .aa....... .........t .....g.... .......... L1med ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Saf ........a. .aa....... .......... .......... .......... S4 ........a. .aa....... .......... .......... ....a..... Sc2 ---------- ---------- ---------- ---------- ----a..... Ms7024 ........a. .aa....... .......... .......... ....a..... Sk2 ........a. .aa....... ...c..c... .......... ....a..... Sk6 ........a. .aa....... ...c..c... .......... ....a..... Sk23 ........a. .aa....... ...c..c... .......... ....a..... L1EL2 ........a. .aa....... ...c..c... .......... .--------- Ms475 ........a. .aa....... ...c..c... .......... ....a..... PA ........a. .aa...a... .......... .......... .......... PD ........a. .aa...a... .......... .......... .......... PK ........a. .aa...a... .......... .......... .......... PL ........a. .aa...a... ...c...... .......... .......... TF1 ........a. .aa...a... .......... .......... .......... TF2 ........a. .aa....... .......... .......... .......... L1md4 ........a. .aa....... .......... .......... .......... [Conv. TF1 vs. 2 ] [ ac ] [ ' ' 6900 ' ' ] L1MdA2 ACTGCCATAG CCAGGGATCC ACCCCATAAT CAGCATCCAA ACGCTGACAC Mmu15647 .......... .......... .......... .......... .......... Mmconreg1 .........t .......... .......... ...t...... .t........ Muspr .........t ..t....... .......... .......... .......... Sha .........t .......... .......... .......... .......... Sfa .........t .......... .......... .......... .......... L1md17 .........t .......... .......... .......... .......... Af37352a .t..a....t .......... .......... ..t.t...c. ..a....... L1md6 ---------- ---------. .......... ....t..... .......... Mmconreg2 .........t .......... .......... .......... .......t.. L1mdz t.....t..t .......... .......... .......... ..a....... L1bg ......t..t .......... .......... .......... .......... L1med ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Saf .........t .......... .......... .......... .t........ S4 .........t .......... ---------- ---------- ---------- Sc2 .........t .......... .......... .......... .t........ Ms7024 .........t .......... .......... .......... .t........ Sk2 .........t a......... .......... .......... .t........ Sk6 .........t a......... .......... .......... .t........ Sk23 .........t a......... .......... .......... .t........ L1EL2 ---------- ---....... .......... .......... .t........ Ms475 .........t a......... .......... .......... .t........ PA .........t .......... .......... ....c..... .ta....... PD .........t .......... .......... ....t..... .t........ PK .........t .......... .......... ....t..... .t........ PL .........t .......... .......... ....t..... .t........ TF1 .........t .......... .......... ....t..... .t........ TF2 .........t .......... .......... .......... .......... L1md4 .........t .......... .......... .......... .......... [Conv. TF1 vs. 2 ------> ] [ o6939C/6944A tcttT ctagGgtatg (compl.) ] [ o6938T tgctagtA tatgcaa (compl.) ] [ o6976A tgtagctAt] [ ' ' 6950 ' ' ] L1MdA2 CATTGCATAC ACTAGCAAGA TTTTATTGAA A-GGACGCAG ATGTAGCTGT Mmu15647 .......... .......... .......... .-........ .......... Mmconreg1 .......... .......... .......... .-....c... .......... Muspr .......... .......... .......... .-....c... .......... Sha .......... c....a.... .......... .-....c... ........a. Sfa .......... c....a.... .......... .-....c... ........a. L1md17 .........t .......... ......c... .-....c... .......... Af37352a .......... ....t..... ....gc.... .a....c... ..a....ca. L1md6 .......... .......... .......... .-....c... .......... Mmconreg2 .......... .......... ......c... .-....c... .......... L1mdz .......... .......... ......c... .-....c... .......... L1bg .......... .......... ......c... .-....c... .......... L1med ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Saf .......... .......... .....c.... .-..g.c... .......... S4 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Sc2 .......... .......... .....c.... .-....c... ........a. Ms7024 .......c.. .......... .....c.... .-....c... .......... Sk2 .......c.. .......... .....c.... .-....c... .......... Sk6 .......c.. .......... .....c.... .-....c... .......... Sk23 .......c.. .......... .....c.... .-....c... .......... L1EL2 .......c.. .......... .....c.... .-....c... .......... Ms475 .......c.. .......... .....c.... .-....c... .......... PA .......... .......... .....c.... .-....c... .......... PD .......... .......... .....c.... .-....c... .......... PK .......... .......... .....c.... .-....c... .......... PL .......... .......... .....c.... .-....c... .......... TF1 .......... .......... .....c.... .-....c... .......... TF2 .........t .......... ......c... .-....c... .......... L1md4 .........t .......... ......c... .-....c... .......... [ ctcttg ] [ ' ' 7000 ' ' ] L1MdA2 CTCTTGTGAG ACTAT-GCCG GGGCCCAGCA AACACAGAAG TGGATGCTCA Mmu15647 .......... .....-.... .......... .......... .......... Mmconreg1 .......... .....-c.g. ..c.at-... .......... .......... Muspr .......... .....-.... .....t.... .......... .......a.. Sha .......... .....-.... .....t.... .......... .......... Sfa .......... .....-.... .a...t.... .......... .......... L1md17 .......... .....-.... .....t.... .......... .......... Af37352a ..ta...... .....-..t. .....t.... .....-.... .......... L1md6 .......... .....-..t. .....t.... .......... .......... Mmconreg2 .......... .....t.... .....t.... .......... .......... L1mdz .......... .....-.... .....t.... .......... .......c.. L1bg .......... .....-.... .....t.... .......... .......c.. L1med ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Saf .......... .....-.... .....t.... .......... .......... S4 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Sc2 .......... .....-.... .....t.... .......... .......... Ms7024 .......... .....-.... .....t.... .......... .......c.. Sk2 ...a...... .....-.... .....t.... .......... .......... Sk6 ...a...... .....-.... .....t.... .......... .......... Sk23 ...a...... .....-.... .....t.... .......... .......... L1EL2 ...a...... .....-.... ..-..t.... .......... .......... Ms475 ...a...... .....-.... .....t.... .......... .......... PA .......... .....-.... .....t.... .......... .......... PD .......... .....-.... .....t.... .......... .......... PK ....c..... .....-.... .....t...g .......... .......... PL .......... ..c..-.... .....t.... .......... .......... TF1 .......... .....-.... .....t.... .......... .......... TF2 .......... .....-.... .....t.... .......... .......... L1md4 .......... .....-.... .....t.... .......... .......... [ o7079A gaga] [ o7065A caatggaA gagctag ] [ ' ' 7050 ' ' ] L1MdA2 CAGTCAGCTA ATGGATGGAT CATAG-GGCT CCCAATGGAG GAGCTAGAGA Mmu15647 .......... .......... .....-.... .......... .......... Mmconreg1 .......... .......... .....-.... .......... .......... Muspr .......... .......... ..c..-.... .......... .......... Sha .......... .......... ..c..-.... .........a .......... Sfa .......... .......... ..c..-.... .........a .......... L1md17 .......... .......... ..c..-.... .......... .......... Af37352a .......... t......... ..c..t.... a......... ...a...... L1md6 .......... t......... ..c..-.... .......... .......... Mmconreg2 ..t....... .......... ..c..-.... .......... .......... L1mdz .......... .......... ..c..-.... .......... .......... L1bg .......... .....c.... ..c..-.... .......... .......... L1med ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Saf .......... .......... ..c..-.... .......... .......... S4 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Sc2 .......... .......... ..c..-.... .......... .......... Ms7024 .......... .......... ..c..-.... .......... .......... Sk2 .......... .......... ..c..-.... .......... .......... Sk6 .......... .......... ..c..-.... .......... .......... Sk23 .......... .......... ..c..-.... .......... .......... L1EL2 .......... .......... ..c..-.... .......... .......... Ms475 .......... .......... ..c..-.... .......... .......... PA .......... .......... ..c..-.... .........a .......... PD .......... .......... ..c..-.... .......... .......... PK .......... .......... ..c..-.... .......... .......g.. PL .......... .......... ..c..-.... .......... .........g TF1 .......... .......... ..c..-.... .......... .......... TF2 .......... .......... ..c..-.... .......... .......... L1md4 .......... .......... ..c..-.... .......... .......... [ aagAacccaag ] [ ' ' 7100 ' ' ] L1MdA2 AAGTAGCCAA GGAGCTAAAG GGATCTGCAA CCCTATAGGT GGAACAACAT Mmu15647 .......... .......... .......... .......... .......... Mmconreg1 .....a.... .......... .......... .......... .......... Muspr .....c.... .......... .......... ....g.g... .......... Sha ...a.c.... .......... .......... .......... .......... Sfa ...a.c.... .......... .......... ........t. .......... L1md17 .....c.... .......... .......... .......... .......... Af37352a .....c.... .......... ..-....... .......... .......... L1md6 .....c.... .......... .......... .......... .......... Mmconreg2 .......... .......... .......... .......... ...t...... L1mdz .....c.... .......... .......... .......... ...t...... L1bg .....c.... .......... .......... .......... ...t...... L1med ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Saf .....c.... .......... ......t... ......---- ---------- S4 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Sc2 .....c.... .......... ......t... .......... .......... Ms7024 .....c.... .......... ......t... .......... .......... Sk2 .....c.... .......... ......t... .......... .......... Sk6 .....c.... .......... ......t... .......... .......... Sk23 .....c.... .......... ......t... .......... .......... L1EL2 .....c.... .......... ......t... .......... .......... Ms475 .....c.... .......... ......t... .......... .......... PA ...a.c.... .......... .......... ......---- ---------- PD .....c.... .......... ......t... ......---- ---------- PK ..a..c.... .......... ......t... ......---- ---------- PL .....c.... .......... ......t... ......---- ---------- TF1 .....c.... .......... ......t... .......... .......... TF2 .....c.... .......... ......t... .......... .......... L1md4 .....c.... .......... ......t... .......... .......... [ ' ' 7150 ' ' ] L1MdA2 TATGAGCTAA CCAGTACCCC GGAGCTCTTG ACTCTAGCTG CATATATATC Mmu15647 .......... .......... .......... .......... .......... Mmconreg1 .....a.... .......... .......... .......... .......... Muspr .....a...g .......... a......... .......... .......... Sha .....a.c.. .......... .......--- ---------- ---------- Sfa .....t.c.. .......... .......--- ---------- ---------- L1md17 .....a.... .......... .......... .......... .....g.... Af37352a .....a.... .........- -.g.t...g. .......... .....g.... L1md6 .....a.... .......... .......... t......... .....g.... Mmconreg2 .....a.... .......... a......... .......... .....g.... L1mdz .....a.... .......... .......... .......... .....g.... L1bg .....a.... .......... .......... .......... .....g.... L1med ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Saf ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- S4 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Sc2 .....a.... .......... t......... .......... .....g.... Ms7024 .....a.... .......... t......... .......... .....g.... Sk2 .....a.... .......... t......--- ---------- ---------- Sk6 .....a.... .......... t......--- ---------- ---------- Sk23 .....a.... .......... t......--- ---------- ---------- L1EL2 .....a.... .......... t......... .......... .....g.... Ms475 .....a.... .......... t......... .......... .....g.... PA ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- PD ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- PK ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- PL ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- TF1 .....a.... .......... t......... .......... .....g.... TF2 .....a.... .......... t......... .......... .....g.... L1md4 .....a.... .......... .......... .......... .....g.... [ ' ' 7200 ' ' ] L1MdA2 AAAAGATGGC CTAGTCGGCC ATCACTGGAA AGAGAGGCCC ATTGGACTTG Mmu15647 ....acc.t. .......... .......... .......... .......... Mmconreg1 .....ta... .......... .......... .......... .......... Muspr .......... .......... .......... .......... .......... Sha ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Sfa ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- L1md17 .......... .......... .......... .......... .......a.. Af37352a .......... .......... .......... .......... .......aca L1md6 .......... .......... ......a... .......... .......aa. Mmconreg2 .......-.g .......... .......... .......... .......ac. L1mdz .......a.. .......... .......... .......... .......aca L1bg ........a. .......... .......... .......... .......aca L1med ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Saf ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- S4 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Sc2 .......... .......... .......... .......... .......ac. Ms7024 .......... .......... .......... .......... .......ac. Sk2 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Sk6 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Sk23 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- L1EL2 .......... .......... ....a..... .......... .......ac. Ms475 .......... .......... ....a..... .......... .......ac. PA ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- PD ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- PK ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- PL ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- TF1 .......... .......... .......... .......... .......ac. TF2 .......... .......... .......... .......... .......ac. L1md4 .......... .......... .......... .......... .......ac. [conv: TF1,2 <------- ] [ ' ' 7250 ' ' ] L1MdA2 CAAACTTTAT ATGCCCCAGT ACAGGGGAAT ACCAGGGCCA AAAA---GGG Mmu15647 .......... .......... .......... .......... ....---... Mmconreg1 .......... .......... .......... g.....c... ....---... Muspr ........g. g......... .........c g......... ....---... Sha ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Sfa ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- L1md17 .......... .......... .........c g......... ....---... Af37352a .......... .......... ....a....c .......... ....a--at. L1md6 ......g... .......... .......... g......... ....aaaat. Mmconreg2 .......... .........a .........c gt........ ....---... L1mdz .......... .........a .........c g......... ....---... L1bg .......... .........a .........c g......... ....---... L1med ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Saf ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- S4 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Sc2 .......... .......... .........c g......... ....---... Ms7024 .......... .......... .........c g........g ....---... Sk2 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Sk6 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Sk23 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- L1EL2 .......... .......... .........c g........g ....---... Ms475 .......... .......... .........c g........g ....---... PA ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- PD ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- PK ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- PL ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- TF1 ..g.....g. g......g.. .........c g......... ..gg---... TF2 ..g.....g. g......g.. .........c g......... ..gg---... L1md4 ..g.....g. g......g.. .........c g......... ..gg---... [conv. TF1,2 -------> ] [ ' ' 7300 ' '] L1MdA2 GGAGTGGGTG GGCAGGGGAG TGGGGGTGGG TGGATAT--G GGGGACTTTT Mmu15647 .......... .......... .......... .......--. ...ac..... Mmconreg1 .......... .......... .......... .......--. ....g..... Muspr .......... .......... ..t....... ...g...--. .......... Sha ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Sfa ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- L1md17 .......... ..t....... ..a....... ...g...--. .......... Af37352a ...a.....c ..t..a.a.. ......--.. g..g...--. t......... L1md6 ...a...... ..t....a.. ......-... a..g...--. ..a....... Mmconreg2 ......ctct c.t....... .......... ...g...--. .......... L1mdz ........c. .at....... .......... ...g...--. .......... L1bg ........c. ..t......a .......... ...g...gg. .......... L1med ---------- ---------- ------.... ...g...gg. .......... Saf ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- S4 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Sc2 .......... ..t..t.... ..a....... ...g...--. ......c... Ms7024 .......... ..t....... .......... ...g...--. .......... Sk2 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Sk6 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Sk23 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- L1EL2 .......... ..t....... .......... ...g...--. .......... Ms475 .......... ..t....... .......... ...g...--. .......... PA ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- PD ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- PK ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- PL ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- TF1 .......... ..t....... .......... ...g..a--. .......... TF2 .......... ..t....... .......... ...g..a--. .......... L1md4 .......... ..t....... .......... ...g..a--. .......... [ pA site: AA TAAA] [ ' ' 7350 ' ] L1MdA2 GGTATAGCAT T-GGAAATGT AAATGA-GTT AAATACCTAA TAAA Mmu15647 .......... .-........ ......-a.. .......... .... Mmconreg1 .......... .-........ ......-.c. .......... .... Muspr .......... .-........ ......-.c. .......... .... Sha ---------- ---------- ---------- ---------- ---- Sfa ---------- ---------- ---------- ---------- ---- L1md17 .......... .t.t...... ......a.c. .......... .... Af37352a ..g....... .-.t...... ..t...-.ga ..t...g... .... L1md6 ..g....... .-........ ..t...-.ga .....tg... .... Mmconreg2 ....c..... .-........ ......-.c. .......... .t.. L1mdz .......... .-........ ......-.c. .......... .... L1bg .......... .-........ ......-.c. .......... .... L1med .......... .-........ ......-.c. .......... .... Saf ---------- ---------- ---------- ---------- ---- S4 ---------- ---------- ---------- ---------- ---- Sc2 .......... .-........ ......-.c. .......... .... Ms7024 .......... .-........ ......-.c. .......... .... Sk2 ---------- ---------- ---------- ---------- ---- Sk6 ---------- ---------- ---------- ---------- ---- Sk23 ---------- ---------- ---------- ---------- ---- L1EL2 .......... .-........ ......-.c. .......... .... Ms475 .......... .-........ ......-.c. .......... .... PA ---------- ---------- ---------- ---------- ---- PD ---------- ---------- ---------- ---------- ---- PK ---------- ---------- ---------- ---------- ---- PL ---------- ---------- ---------- ---------- ---- TF1 .......... .-........ ......-.c. .......... .... TF2 .......... .-........ ......-.c. .......... .... L1md4 .......... .-........ ......-.c. .......... .... ; End; [Revision history: 9/17/99 - alignment error in mmconreg1 fixed. 10/7/99 - 2 conversion tracts marked. 10/14/99 - top section edited to appear like table 1 in Hardies et al., LINE-1 (L1) lineages in the mouse submitted for publication 10/14/99 - version number increased from ls15.nex to ls16.nex]