#NEXUS [!Imported GCG-MSF file "olds.msf" (Wed Nov 11 17:34:13 1998)] [ Olds.Msf MSF: 1935 Type: N November 11, 1998 17:27 Check: 2910 .. Matches Loeb 5387..7277 ] Begin data; Dimensions ntax=12 nchar=1935; Format datatype=DNA interleave gap="-" equate="U=T ~=-" matchchar="."; Matrix L1Mda2 AACGAATTGG AAGGAGCAAT TTGCAAATTT GTCTGGAATA ACAAAAAACC Ratlin3a ..a..g..a. .ca..a.... .........c a......... .......... Rattran ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- R8 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Il6a ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- L1md16 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- L1fte .......a.a ....-...t. c..t...g.c a......... .......... 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L1Mda2 CACCATGCCA GACCTAAAGC TTTACTACAG AGCAATTGTG ATAAAAA--- Ratlin3a ...t..c..t ..a..c.... ag..t..... ......a... .......--- Rattran ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- R8 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Il6a ---------- ---------- ---....... .......... .......aaa L1md16 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- L1fte ......a..t t......... .g........ ...t...... .......--- Pg14lh ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- L1md2 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- L1md1 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Dac ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- L1md17 .......... .......... .......... .......... ......c--- L1Mda2 CTGCATGGTA -CTGGTATAG AGACAGACAA GTAGACCAAT GGAATAGAAT Ratlin3a .........g at.....c.. .........g a......... .........c Rattran ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- R8 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Il6a .......... -t..a..c.. ca.......g ....t-.... ....c.c... 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L1Mda2 ATAACCCCAT TAAAAAATGG GGCTCAGAAC TGAACAAAGA ATTCTCACCC Ratlin3a .......t.. ......-... ..t.....g. .a......a. -...a..g.t Rattran ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- R8 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Il6a .......... ......--t. t.ta..a.g. .a........ .......a.t L1md16 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- L1fte .......--a .t........ ........g. .a........ .....t...t Pg14lh ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- L1md2 .......... .-........ .......... ca........ .........t L1md1 .......... .......... .......... .......... .......... Dac ---------- ---------- -......... .......... t........t L1md17 .......... .......... .......... .......... .........t L1Mda2 GAGGAATACC GAATGGCAGA GAAGCACTTG AAAAAA-TGT TCAACATCCT Ratlin3a .......g.. .......t.. ...a...c.a ..g...-... ........t. 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L1md1 .......... .......... .......... .......... .......... Dac .........- .......... ......c... t......... .......... L1md17 .......... ........t. .......... .......... .......... L1Mda2 AGGATGTGGA GAAAGAGGAA CACTCCTCCA TTGTTGGTGG GAGTGCAGGC Ratlin3a .......... .......... .......... .......... ..t.....a. Rattran ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- R8 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Il6a .......... .......... .......... ...c..t... ..t....a.. L1md16 ---------- ---------- ---------- ---------- --------.. L1fte .......... .......... ..agt..... .......... a.t..t.a.. Pg14lh .......... .......... .......... .......... ..t....a.. L1md2 .......... .......... .......... .......... c.t....a.. L1md1 .......... .......... .......... .......... ..t....a.. Dac .......... ....a..... .....a.... .......... ..t....a.. L1md17 t......... .......... .......... .......... ..t....... L1Mda2 TTGTACAACC ACTCTGGAAA TCAGTCTGGC GGTTCCTCAG AAAACTGGAC Ratlin3a .g...a.... .t........ .........a .......... ....t..... Rattran ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- R8 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Il6a .....t.... .......... .......... t........a ....t.a... L1md16 .......... .......g.. c.....a..t .t.......a ...ct..... L1fte ........-. ......a... .........t .......... ....t..... Pg14lh ..a....... .......... .......... .......... ....t..... L1md2 .......... ......t... .......... .t...t.t.. ....t..a.. L1md1 .......... .......... .........t ....at.... ....t..... Dac .......... .......... .......... .......... ....t..... L1md17 .......... .......... .......... .......... ....t..... L1Mda2 ATAGTACTAC CGGAGGATCC AGCAATACCT CTCCTGGGCA TATATCCAGA Ratlin3a ..t.a...g. .t........ ...t...... ...t...... ....c...a. 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Dac .......... .......... .......... ....c..... g......... L1md17 .......... .......... .......... ....c..... .......... L1Mda2 GAGGAATGGA TACAGAAAAT GTGGTACATC TACACAATGG AGTACTACTC Ratlin3a .......... .......... .......... .......... .a..t..... Rattran ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- R8 ..a......c .......... ........ct .........t .--------a Il6a .......... .......... .........t ....-..... .......t.. L1md16 .......... .......... ....------ .......... .......... L1fte .......... .......... .........t .......... ....t..... Pg14lh ........a. .......... .........t .......a.. ..a....... L1md2 .......... .......... .........t ........a. .......... L1md1 .......... .......... .......... ........a. .......... Dac ........t. .......... .........t .......... .......... L1md17 .......... .......... .......... .......... .......... L1Mda2 AGCTATTAAA AAGAATGAAT TTATGAAATT CCTAGCCAAA TGGATGGACC Ratlin3a ......c... ..c..c..g. .......... .g...g.... ...t....a. 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L1Mda2 TGGAGGGCAT CATCCTGAGT GAGGTAACAC ATTCACAAAG AAACTCACAC Ratlin3a ....aaat.. .......... ...c....c. .c.....g.a .g..at...t Rattran ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- R8 .aa....t.. ...t...... .......ac. .a.......a g........t Il6a .....a.t.. g.....t... ........c. .a.......a t..g....tt L1md16 ......at.. ........a. ........c. .........a g..g....tt L1fte .......... .......... ..t.....cg ga.a.....a g........t Pg14lh .......... .......... .......... .a........ g......... L1md2 ....a..... ...t.g.... ..a....... .a........ g......... L1md1 .......... .......... ........c. .a........ g.....t... Dac .......... ......a... ........c. .a...t...a g.....t... L1md17 .......... .......... .......... .......... g......... L1Mda2 AATATGTATT CACTGATAAG TGGA---TAT TAGCCCC-AA ACCTAGGATA Ratlin3a gg....c.c. ..t....... ...c---... ......aa.t g.t.gaat.. Rattran ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- R8 g...c.c.c. ..t....... ...c---... ......ag.. ..t..aa... 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L1Mda2 CACCCATGGA AGGAGTTACA GAGACGGAGT TTGGAGCTGA GATGAAAGGA Ratlin3a t....t...c t..gaaggg. ...g.aa..a ..aa.a.a.. ..ctg..... Rattran ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- R8 tg......t. .......... .....aa... ...a...... ....g..... Il6a t......... .......... .....aa... ........a. ..ca...... L1md16 ...t...... .......... .....aa.c. .......... ..ca...t.. L1fte a......... .......t.. .....aa... ....t..... ..c....... Pg14lh ..-....... .a...g.... .....aa... ......g..t ..ca...... L1md2 .....t.... .......... .....aa... ........ct ..c....... L1md1 .......... .......... .....aa.a. .....ag..t ..c....... Dac .......... .......... .....aa.a. .....ag..t ..c....... L1md17 .......... .......... a....aa... .......... .......... L1Mda2 TGGACCATGT AGAGACTGCC ATAGCCAGGG ATCCACCCCA TAATCAGCAT Ratlin3a acac....tc ....c..... cc.caggt.. -c...ta-.. ..ta....ca Rattran ---------- ---------- --------.. .....t.... ..tgtg.aca R8 a........c .......... cc.t...... .....tat.. ....-gt... 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L1Mda2 CCAAACGCTG ACACCATTGC ATACACTAGC AAGATTTTAT TGAAAGGACG Ratlin3a ..c..-ttg. ...ag..g.a tg.ag.a.ag ...tgcag.c ...c....gc Rattran .....tc.a. ....tg..a. tg.tg.c.ag ...tac..gg ...c....gc R8 ......a.a. ....t..... ...tg.c... .......c.c ...c.t..tc Il6a ......cac. ...gt..... ...t..c... ........gc .........c L1md16 ........a. ..c.t..... .......... ......g.gc ...c.a...c L1fte .....g.... .......... ........a. ........gc .........c Pg14lh .......... .......... .......... ........gc .........c L1md2 .......... .......... .......... ........gc .........c L1md1 .......... .......... .a........ ........gc .........c Dac ........-- --........ ...t...... ........gc .........c L1md17 .......... .......... ...t...... .......... c........c L1Mda2 CAGATGTA-G CTGTCTCTTG TGAGACTATG CCGGGGCCCA GCAAACACAG Ratlin3a .g......-. a.cg...c.. a.....aca. ..a.aata.. .....t.... Rattran .t...--.-. .......c.. a....a.c.. ..a.a...tg a.c..t.... R8 .t...a..-. ....g..... ....g..... ..a.t...tg ...g...... 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L1md2 .......... .......... ...t...... .....c.... .....g.... L1md1 .......... .......... ...t..a..t ..c..c.... .c........ Dac .......... .......... ...t..a... ..c..c.... .c........ L1md17 .......... .......... .......... .....c.... .......... L1Mda2 AGGAGCTAGA GAAAGTAGCC AAGGAGCTAA AGGGATCTGC A-ACCCTATA Ratlin3a ....atc... .....a.ctg g.a.....tg .a..gg..ca .g....c.a. Rattran .....t.... agg.ag.ct- g.a...-.t. .a..g.t... .-....c... R8 ga......a. .......c.. ...a.a..g. ...ct....t .-........ Il6a .......... .......c.. ........g. ....g..... .-........ L1md16 .......... .......c.. .......... .......... .-.t...... L1fte .......t.. .......c.. ......g... ...tg..... .-..t..... Pg14lh .......... .......tt. .......... ..a......t .-.....g.. L1md2 .......... .......c.. .......... .......... .-........ L1md1 ....a..... .....c.c.. .....a.... .....a.... .-........ Dac ....a..... .....----- ---------- ---------- ---------- L1md17 .......... .......c.. .......... .......... .-........ L1Mda2 GGT-GGAACA ACATTATGAG CTAACCAGTA CCCC--GGAG CTCTTGACTC Ratlin3a a..-ac.... .---.g.c.a gc......-- ---------- ---------- Rattran ..a-a..... ...a...c.a .c......ac ...ac-t... a..ccaggga R8 ..a-a..... g..a.....t ........c. ....c-t... ...c..t... Il6a ...t...... ...a.....a .......... ....c-a... ...a.at... L1md16 ...-.----- --------.a .......... g..act.... ...g..t... L1fte ...-...... ...a.....a .......... ....caa... ..ag..t... Pg14lh ...-.c.... .........a .......... ....--.... .......... L1md2 ...-...... ...a.....a .......t.. ....--.... ....g..... L1md1 ...-...... ...a.....a ....g..... ....--a... ......t... Dac ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- L1md17 ...-...... .........a .......... ....--.... .......... L1Mda2 TA-GCTG--- ---------- --CATATATA TCAAAAGATG GCCTAGTCGG Ratlin3a ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- Rattran ctaaa.cact aacctaagag ta..c..g.. g..g.g.... ....ta..t. R8 ..-....--- ---------- --....gg.. g..g...... .t....ct.. 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L1md2 .-.-...... .......... t..c.....a -ca....... .......... L1md1 .-.-...... c......... .......... .......... .......... Dac ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- L1md17 ...-...... .......... .......... a......... .......... L1Mda2 AGTACAGGGG AATACCAGGG CCAAAAA-GG GGGAG Ratlin3a ---------- ---------- ---------- ----- Rattran ...gt.t.a. ...gtt.... g..tg.g-.t a.... R8 .a..g..... ...g...... g..gg..-.a ..... Il6a .........- ...g...... ....g..-.t ..... L1md16 ....g..... ...ga..... ....g..-.t ..... L1fte ......a... ..c..t..tt ....g..-.t ..... Pg14lh .......... ..cg...... .......aat ....a L1md2 .........a ..cg...... .......aat ....a L1md1 .......... ...g.....c .......-.. ..... Dac ---------- ---------- ---------- ----- L1md17 .......... ..cg...... .......-.. ..... ; End;